לפני כחצי שנה התנהלו חילופי האשמות קשים בין המבקר והמנכ"ל לבין יונס, על רקע פרויקט לבניית בית המבקר החדש. השניים האשימו זה את זה במנהל לא תקין, ויונס אף הועבר מתפקידו כאחראי על הפרויקט. בהמשך שלח המבקר שפירא הודעה ליונס על שימוע, בהמלצת מנכ"ל המשרד, מחמת אי-התאמה, ותוך נימוק כי ההמלצה באה לאחר שהביקורת הפנימית מצאה ליקויים חמורים בפועלו.
יונס פנה לבית הדין לעבודה ודרש לעכב את הליך השימוע נגדו עד שתמוצה עתירתו נגד ההחלטה, וכעת כאמור דחה בית הדין האזורי לעבודה בראשות השופטת שרה מאירי, ונציגי הציבור, חנה גלאי ויוסף רובינשטיין את הבקשה, וקבע שיונס יגיש את טיעוניו בכתב למבקר המדינה עד לאמצע החודש כדי לבצע את הליך השימוע.
בהחלטת בית הדין צוין כי לא נמצא קשר בין ההחלטה לפתוח בהליכי שימוע נגד יונס ובין טענותיו לניגוד עניינים של המבקר בפרויקט הבנייה, וכי יונס הועבר מתפקידו כמנהל הפרויקט "בהחלטה ששורשיה קדמו" לטענותיו לשחיתות. כן נקבע כי בניגוד לטענת יונס, אין בסיס לכך שהמבקר מנוע אישית מלקיים את השימוע, וכי הדיין לא שוכנע שיש למבקר דעה מוקדמת בעניין, ואין חשש לביצוע שימוע רק למראית עין.
בית הדין קבע - תוך קבלת טענות משרד מבקר המדינה - כי ניסיונו של יונס ליטול לעצמו "כסות" כ"חושף שחיתות" הוא מלאכותי ושלא מן העניין, דבר שמעלה חשש לתום לבו.