פייזלי לא היה בקו הבריאות בשנים האחרונות ולפני שנתיים הושתל בגופו קוצב לב לאחר שהתמוטט בפרלמנט בלונדון. הוא היה דמות בולטת בסכסוך הפרוטסטנטי-קתולי בצפון אירלנד, ונודע כסמן קיצוני שלא התפשר מול יריביו הקתולים והפעילות החמושה של IRA. ב-2006 חלה תפנית היסטורית בעמדותיו, כשאפשר ל"שין פיין" של ג'רי אדאמס, הזרוע הפוליטית של המחתרת הקתולית, להוכיח שפניה לשלום.
ב-2007 הוקמה ממשלת אחדות בראשות פייזלי, בשיתוף עם אויביו לשעבר מהמחנה הקתולי. אולם, בשל גילו ובריאותו הרופפת הוא פרש כשנה לאחר הקמת הממשלה. בין השאר, זכור פייזלי בכך שכינה את האפיפיור יוחנן פאולוס השני "אנטיכרייסט", בעת דיון בפרלמנט האירופי ב-1988. בדצמבר האחרון הוא פרש גם מתפקידו הדתי כמטיף בכנסייה שהקים, הכנסייה הפרסביטריאנית החופשית.