הדברים של הרב הצבאי הראשי נאמרו על רקע המתיחות הגבוהה בהר הבית והחשש בישראל וברשות הפלסטינית מליבוי היצרים. עמדתו של פרץ נחשפה בעקבות תשובה שהעניק לאחת מהשאלות שנשאל בנושא, ובה התבקש להתייחס לזיקת המוסלמים להר הבית.
אחרי שציין כי מרבית הערבים לא יודעים מה כתוב בקוראן, המשיך פרץ לומר בהקשר זה כי "באחריות, אנחנו יודעים טוב מהרבה מהם". חלק מהדברים של הרב פורסמו באתר "כיפה".
בהמשך התייחס הרב פרץ למסגד אל-אקצה ואמר: "מה זה מסגד אל-אקצה, אתם יודעים? תעשו לי מקדש בקצה. בקצה של מה? של מכה! בקצה של חצי האי ערב. כיפת הסלע זה לא בקצה ולכן אמרתי: זה רק לכבוד. אין לזה שום משמעות דתית לאיסלאם. והם עושים את זה בקצה של הר הבית, אבל לאן הם משתחווים? למכה. האחוריים שלהם מופנים להר הבית. אז מה עושים על הר הבית?"
מדובר צה"ל נמסר בתגובה כי "הדברים הוצאו מהקשרם ואינם משקפים את עמדתו של הר הצבאי הראשי. הרב מצר באם דבריו פגעו באוכלוסייה הערבית".