כחודש לאחר שהוצת, נכנסו הלילה ארבעה אוטובוסים של מבקרים למתחם קבר יוסף בשכם. נוסף על המתפללים, הגיעו למקום גם אנשי מקצוע מטעם המועצה האזורית שומרון וערכו שיפוצים במקום. "מאז הוונדליזם וההשחתה הביקוש לביקורים במקום דווקא עולה", אמר ראש המועצה, יוסי דגן. "מעכשיו, צה"ל והממשלה צריכים להחיל את הריבונות במתחם הקבר".
אנשי התחזוקה מנגד החלו בשיפוצים, ובין היתר תיקנו הפועלים את החדר הסמוך לציון הקבר שבו אמורה לקום עזרת הנשים, התקינו תאורת חוץ, תשתיות לשירותים ועוד. "יש כאן הרבה עבודה, מה שעשו כאן זו השחתה לשמה. צריך לחדש את כל הצבע, להתקין תשתית ראויה ולסדר את השירותים", אמר נתנאל שניר, האחראי על המקומות הקדושים במועצה האזורית. יש לציין שגם בתחילת
החודש הגיעו למקום רבנים ואנשי תחזוקה, שהחלו בשיקום המקום. יו"ר הרשות הפלסטינית, אבו מאזן, אמר כי יישא בעלות השיפוצים במקום, אולם דבר לא קרה.
באמצע חודש אוקטובר הוצתו חלקים מהמתחם אחרי הכרזה על יום זעם מצד חמאס. במהלך הפרת סדר יידו פלסטינים בקבוקי תבערה לעבר המתחם, הכוחות הפלסטיניים הדפו אותם, ירו באוויר והשתלטו על האש. מתאם פעולות הממשלה בשטחים וראש המנהל האזרחי שוחחו עם גורמים פלסטיניים רלוונטיים שגינו את האירוע.