הספרדי בן ה-48 החל את קריירת האימון שלו באקדמיה של ברצלונה ב-1999 וכעוזר מאמן ברצלונה ב'. לאחר למעלה מעשור במועדון הספרדי, עבר קאפייאס ב-2010 לוויטסה ההולנדית בה עבד 4 שנים כעוזר מאמן, גם תחת פטר בוס.
קאפייאס מצטרף לצהובים מברונדבי הדנית, בה שימש כעוזר מאמן הקבוצה הבוגרת ומאמן במחלקת הנוער מ-2014. המנהל הספורטיבי של הקבוצה, ג'ורדי קרויף, אמר לאתר הרשמי: "אנו שמחים לצרף את אלברט קאפייאס כחבר חשוב בצוות האימון שלנו".