בין התוכניות הבולטות שקידמה כהן במהלך השנים: התוכנית ללמידה משמעותית, הרחבת האוטונומיה לבתי הספר, צמצום פערים באמצעות תקצוב דיפרנציאלי והחלת התמונה החינוכית בבתי הספר, שבמסגרתה המוסדות נמדדים לא רק על פי הישגיהם הלימודיים, אלא גם על פי אחוז המתגייסים, אחוז המתנדבים ועוד. בחודשים האחרונים עמדה כהן בראש ועדה שהקים בנט ליצירת מתווה חדש למשכורות המורים, זאת בעקבות מחאת עובדי ההוראה על קיזוזים רבים בשכר.
המאבק האחרון המסוקר של מנכ"לית משרד החינוך היה השביתה שעלייה הכריזה בינואר מזכלית הסתדרות המורים החדשה יפה בן דוד, שהגיע עד לבית המשפט. שם התעמתו כהן ובן דוד, כאשר הראשונה טענה שמדובר במהלך פוליטי, בעוד שבן דוד טענה כי המשרד פוגע בהתנהלותו במורים. נכון לעכשיו לא הוחלט מי יחליף את כהן בתפקידה ושר החינוך בנט בוחן מועמדים הן מתוך המשרד והן מחוצה לו.
בנט הודה לכהן על תקופת כהונתה ועל תרומתה המשמעותית ורבת השנים למערכת החינוך. "מיכל כהן הינה מנכ"לית מצוינת ומקצועית מהמעלה הראשונה. היא ניהלה את המערכת באופן נחוש ואמיץ, הובילה תוכניות משמעותיות והניחה תשתיות חינוכיות חשובות, שישרתו את המערכת לאורך השנים הבאות. אני משוכנע שהיא תמשיך בעתיד לתרום למדינת ישראל בתפקידים משמעותיים", אמר.
המנכ"לית העוזבת הודתה לשר בנט על האמון שנתן בה לאורך כל הדרך, על התמיכה והעשייה המשותפת למען קידומה של מערכת החינוך, עובדי ההוראה וילדי ישראל. היא ציינה כי היא מאמינה כי התוכניות שפועלות כיום במערכת יקדמו אותה ויכשירו אותה להתמודדות ראויה עם האתגרים של השנים הבאות.
כהן, יש לציין, הוזכרה כמועמדת לתפקיד נציבת שירות המדינה, תפקיד שמתפנה בחודש מאי הקרוב. יחד איתה מועמדת גם מנכ"לית משרד המשפטים אמי פלמור. ההערכות במערכת הפוליטית היא שהבחירה תיעשה על ידי ראש הממשלה בנימין נתניהו, שמייחס לתפקיד זה חשיבות גדולה, וזאת במסגרת מהפכת הדירקטורים נגד ועדות האיתור כחלק מהרצון לאפשר לשרים לבחור את אנשי אמונם.