המדינה טוענת בתגובתה כי העתירות שהוגשו על-ידי ח"כ אראל מרגלית, עו"ד אלדד יניב, והתנועה לאיכות השלטון הן "חלק מהקמפיין התקשורתי שמנהלים העותרים במטרה להפעיל לחץ על רשויות אכיפת החוק לקבל החלטות כאלה או אחרות".
המדינה התייחסה גם לעתירה שמבקשת לפסול את היועץ המשפטי לממשלה אביחי מנדלבליט מלהיות מעורב בחקירות נתניהו בשל ניגוד עניינים משום ששימש כמזכיר הממשלה תחת נתניהו. "הוא פועל בשיקול דעת מקצועי ואינו מצוי בניגוד עניינים", טענה המדינה.
רק השבוע הודיע פרקליט המדינה כי גם פרשת 3000, פרשת כלי השיט, עוברת לחקירה פלילית, אך נתניהו אינו חשוד בפרשה.
המדינה השיבה גם לדרישות העותרים למסור לציבור פרטים מהחקירות וענתה: "חקירה לא יכולה להתנהל בקלפים פתוחים". דיון בעתירות בהרכב מורחב בבג"ץ אמור להתקיים בשבוע הבא.