מנכ"ל המשרד להגנת הסביבה, ישראל דנציגר, יימנע מעיסוק במשבר מכל האמוניה בחיפה מחשש לניגוד עניינים, בשל קרבתו לסמנכ"ל חברת כי"ל - צרכנית האמוניה המרכזית של חיפה כימיקלים. כך הנחה היועץ המשפטי לממשלה, אביחי מנדלבליט.
מהמשרד להגנת הסביבה נמסר בתגובה כי "מנכ"ל המשרד חתום על הסכם ניגוד עניינים לפיו אינו יכול לעסוק במישרין בענייני חברת כי"ל, בגלל חברותו הרחוקה עם סמנכ"ל הכספים של כי"ל.
"המנכ"ל פעל לפי הוראת ההסכם, ולא עסק בכל דבר שיש לו נגיעה ישירה לכי"ל, ואף היועצת המשפטית של המשרד כשנשאלה בימים אלה לחוות דעתה, ציינה כי לפי המידע שבידה אין מקום לפסול את עיסוקו של המנכ"ל בנושא האמוניה - שכן בנושא זה הפעולה הישירה היא עם חיפה כימיקלים.
"למרות שהמנכ"ל פעל על פי ההסכם וההנחיות, נתקבלה פניה אצל היועץ המשפטי לממשלה לבחון את הנושא, והוא הורה לדנציגר להימנע זמנית עד לבדיקה מעיסוק בנושא האמוניה. המנכ"ל מקיים הוראה זו מרגע קבלתה היום".