הפריצה התגלתה באחד המחסנים של הבסיס. לאחר ספירת מלאי שנערכה במקום התגלו חוסרים רבים בתחמושת, ובעקבות כך הוזמנו חוקרי מצ"ח מיד למקום.
במקביל לחקירת מצ"ח פתח מפקד הבסיס בתחקור ראשוני כדי לבדוק האם היו ליקויים בשמירה והאם נכנסו לשטח הבסיס גורמים זרים, כדוגמת פועלים או מבקרים, מבלי שהיו להם אישורים כנדרש ומבלי שגורם מהבסיס ליווה אותם.
בין היתר נמצאו חוסרים במטעני ומוקשי נ"ט (נגד טנקים), מטען מסוג רעם (מטען רסס נגד אדם), לבנות חבלה ומאות כדורי 5.56 מ"מ המשמשים לירי ברובה סער מסוג M16.
מדובר צה"ל נמסר כי "המשטרה הצבאית והמפקדים פתחו בחקירת נסיבות האירוע".