חואנפראן גדל במחלקת הנוער של ריאל מדריד, אבל לא קיבל צ'אנס אמיתי בקבוצה הבוגרת ונאלץ לנדוד. הוא פרץ במדי אספניול אחרי שסייע לה לזכות בגביע המלך ב-2006. לאחר מכן שיחק במשך ארבע עונות וחצי באוסאסונה עד שאתלטיקו רכשה אותו בארבעה מיליון אירו בלבד.
הצגתו של חואנפראן בסאו פאולו
הוא הספיק לזכות עם הקולצ'ונרוס באליפות (2014), גביע המלך (2013), פעמיים בליגה האירופית (2012 ו-2018), פעמיים בסופרקאפ האירופי (2012 ו-2018), ופעמיים הגיע לגמר ליגת האלופות (2014 ו-2016).
למרות שערך את הופעת הבכורה שלו במדי נבחרת ספרד רק בגיל 27, הספיק חואנפראן לזכות עם הלה רוחה ביורו 2012, ולקחת חלק במונדיאל 2014 וביורו 2016.