רק בשבוע האחרון, גל החום שהגיע ביפן לשיאו עם 41.3 מעלות ויותר מ-70 אחוזי לחות הוביל ל-11 מקרי מוות ו-5,664 בני אדם שהתייבשו והועברו לבתי חולים ברחבי המדינה.
בתחילה הוועדה המארגנת קבעה את שעת הזינוק ל-7.30 בבוקר, אך בהמשך החליטו להקדים אותו בשעה וחצי בגלל הסיכונים הבריאותיים הפוטנציאליים לספורטאים.
במטרה להקטין את החום, עיריית טוקיו התקינה ציפויים מיוחדים בכבישים במרכז העיר, כולל באזורים בו ייערך המרתון, עם חומרים שצפויים לדכא את עליית הטמפרטורה בשמונה מעלות.