כזכור, כבר בימיו הראשונים של המשבר החליטה הנהלת האיגוד בהצבעה לסיים במפתיע את עונת הלאומית, למנוע ירידות, אבל כן לקבוע כי שתי הראשונות - בני הרצליה והפועל חיפה מעפילות לליגת העל.
עפולה, שדורגה במקום השלישי כשהוחלט לסיים את העונה, עתרה לבית הדין של האיגוד שיבטל את החלטת הנהלת האיגוד, אבל הוא דחה את עתירתה. הקבוצה מהצפון לא ויתרה והגישה עתירה נוספת לבית הדין העליון. הטענות של הקבוצה הן שהישיבה בה התקבלה ההחלטה התנהלה בצורה לא תקינה משלל סיבות, וביניהן זימון יומיים לפני הישיבה ולא חמישה ימים כפי שכתוב בתקנון, נוכחות של 10 חברי הנהל במקום 29, ופרוטוקול לא ברור מהישיבה.
אבל הטענה המרכזית של עפולה הייתה שבישיבה ישבו וגם הצביעו שני בעלי אינטרסים - אלדד אקוניס, יו"ר בני הרצליה, ורון וורוטיצקי, יו"ר מכבי רחובות מהליגה הארצית, שדורגה במקום השני בטבלה. לפי תקנון האיגוד, הראשונה בארצית מעפילה ללאומית, ובאסיפה הוחלט לסיים את העונה בארצית ללא עולות, כך שקבוצתו של וורוטיצקי כביכול "הרוויחה" מכיוון שאף קבוצה לא עלתה.
הדיינים דרשו כי בני הרצליה תגיב לטענות נגד יושב הראש שלה, ובתשובה שנתנה נמסר כי לא רצתה בסיום העונה מכיוון שזמן קצר קודם לכן השקיעה כספים רבים בשדרוג הסגל. כמו כן, טענו בהרצליה כי הם צריכים לשחק כדי שקהל יבוא למשחקים וישלם דמי כניסה. בנוגע לאקוניס, נמסר כי הוא לא ניסה להשפיע על דעה של אף חבר הנהלה אחר, ובסוף המשקל שלו היה קול אחד בהצבעה.
בסיומו של הדיון טענו הדיינים כי בהחלטה של הנהלת האיגוד לסיים את העונה בלאומית נפלו פגמים בשני מישורים - תהליך קבלת ההחלטה (עניין הזימון, ולא ברור אם היה בכלל דיון), והמישור השני הוא ניגוד העניינים שהיה לאקוניס, ואף נכתב כי "פגם כזה עלול להוליך לביטול ההחלטה". הדיינים אף הוסיפו כי לאור ההתפתחויות בימים האחרונים (חזרת ליגת הכדורגל וליגת העל בכדורסל), צריך לבדוק אם יש עוד היתכנות מעשית לחידוש משחקי הליגה הלאומית בכל מתכונת שהיא.
לסיכום החליטו דייני העליון מצד אחד שלא לבטל את ההחלטה המקורית של בית הדין, אבל לאור הפגמים שהתקבלו בקבלת ההחלטה הם הורו לקיים דיון נוסף בנושא בהנהלת האיגוד ש"יקיף את כל אפשרויות הפעולה".