שוב פועל מנגנון ההפרדה בין ערבים ליהודים במערכת החינוך של תל אביב: העיריה הפרידה את הילדים היהודים והערבים לכיתות נפרדות בגן ילדים ביפו.
בשנת הלימודים הקודמת למדו בגן שברחוב חבר הלאומים, 67 ילדים, בשתי כיתות מעורבות. לקראת שנת הלימודים שנפתחה השבוע, נרשמו לגן 122 ילדים, מתוכם 27 יהודים. בעיריית תל אביב החליטו להקדים תרופה למכה, מחשש שההורים היהודים יוציאו את ילדיהם מהגן בשל מספר הילדים הערבים, והחליטו על כיתות נפרדות. הילדים היהודים רוכזו בכיתת גן אחת, והערבים בשלוש כיתות נפרדות.
לדברי איברהים גוטי, שבנו למד בשנה שעברה בכיתה אחת עם ילדים יהודים, מדובר בגזענות. "זאת אפליה וגזענות ממדרגה ראשונה, אם ככה מחנכים ילדים להפרדה, איזה מבוגרים מצפים שהם יהיו? אני מזועזע שעיריית תל אביב שותלת שנאה בין העמים ומפרידה בין ילדים על רקע גזעי".
בשנת 96' הגישה האגודה לזכויות האזרח עתירה לבג"צ בעניין גני הילדים המעורבים ביפו. לדברי עו"ד הדס תגרי, שהגישה את העתירה, העיריה התחייבה שלא ליצור גני ילדים נפרדים ליהודים ולערבים, ולא למנוע כניסת ילדים ערבים לגנים יהודיים. עו"ד תגרי: "כל הפרדה בין ילדים על רקע אתני אסורה על פי החלטת בג"צ. העיריה כבר מזמן היתה צריכה לטפל בבעיות הייחודיות בנושא הרישום לגני הילדים ולבתי הספר של יהודים וערבים. אי אפשר להיכנע לתכתיב של הורים יהודים שדורשים שהילדים שלהם ילמדו בנפרד מהילדים הערבים. העיריה צריכה להשקיע בפתרון ארוך טווח לבעיה".
לדברי רינה עידן, מנהלת המחלקה לגני ילדים בעיריית תל אביב, מינהל החינוך ומחוז תל אביב במשרד החינוך, החליט להפריד את הילדים, לא בגלל לחץ של הורים יהודים, אלא כדי שהילדים היהודים לא יהיו מיעוט בכיתות. עידן: "אם היינו מפזרים את הילדים היהודים בין כיתות הגן, הם היו במיעוט. אנו גם צריכים לתת את הדעת להכרח לקיים מסגרות יהודיות בלב יפו, לכן החלטנו על הפרדה".
סיפור זה מצטרף לסיפור נוסף שנחשף ב-ynet, לפיו בבית הספר ויצמן, בית הספר היסודי של לב יפו, נקבעו "מכסות" רישום לתלמידים ערבים וכי 25 ילדים ערבים פוזרו בבתי ספר יהודיים אחרים ביפו, בגלל שמכסות הרישום התמלאו.
בשנים האחרונות, מעדיפים הורים ערבים ביפו שילדיהם יקבלו חינוך יהודי, על פני חינוך ערבי, משום שהיהודי נתפס כחינוך איכותי יותר וזוכה למשאבים רבים יותר. חלק מההורים הערבים אף רואים בחינוך היהודי קרש קפיצה טוב יותר להשתלבות ילדיהם בחברה הישראלית בעתיד.