על ימי נעוריו של דה גמה קיימות ידיעות מועטות. הוא היה בנו השלישי של אציל פורטוגלי שפיקד על מצודה בדרום במדינה. ייתכן שלמד בעיירה אבורה (Évora), בה ככל הנראה רכש השכלה במתמטיקה ובניווט.
ב-1492 נשלח דה גמה על ידי המלך ז'ואאו ה-2 "המושלם" (João) לדרום פורטוגל ולאפריקה במטרה ליירט אוניות צרפתיות שהתנכלו לצי הפורטוגלי. באותן שנים נבחר אביו להוביל משלחת ימית להודו במטרה לפתוח את נתיבי הסחר הימיים בין העולם המערבי למזרח, ולשבור את המונופול שהיה לסוחרים הערבים על המסחר עם הודו. עם מותו של אביו ב-1497 נבחר דה גמה לבצע את המשימה...
