במערכת הביטחון חוזרים ומדגישים כי חיזבאללה מעביר למגוייסיו באזור יהודה ושומרון בכלל ובשכם בפרט, הנחיות להגביר את פעילות הטרור. את הדגש שמים בחיזבאללה על הוצאת פיגועי התאבדות לשטחי ישראל, במטרה ליצור חזית לחימה נוספת.
בשלושת הימים האחרונים פעלו כוחות של צה"ל, שירות הביטחון הכללי וכוח מיוחד של שירות בתי הסוהר, במתחם המוקטעה בשכם בו הסתתרו, לטענת צה"ל, מבוקשים מארגוני טרור שונים. במהלך הפעילות התפתחו חילופי אש בין הכוחות לבין מבוקשים חמושים ושלושה פלסטינים שניסו להימלט מהמקום נהרגו. לאחר כיתור המבנה נקראו המבוקשים לצאת מהמתחם ולאחר שלא נענו החלו כוחות צה"ל - במקביל לכריזה - להשתמש באמצעים שונים על מנת לשכנעם להסגיר עצמם. בין היתר, הרסו הכוחות את המבנים במתחם בו התבצרו המבוקשים.
מלבד חילופי האש בין המבוקשים לחיילים, התפתחו במקום הפרות סדר אלימות שכללו יידויי בקבוקי תבערה ובלוקים לעבר הכוחות. במהלך ההפרות נפצע חייל צה"ל באורח קל מבקבוק תבערה שהושלך לעברו והכוחות הגיבו באמצעים לפיזור הפגנות.
לטענת צה"ל, המבוקשים שהיו במתחם כפו את עצמם מפקדי מנגנוני הביטחון של הרשות הפלסטינים, הנמצאים במקום. בצה"ל גם סבורים כי השתלטות החמושים על מתחמי המנגנונים בשכם היא חלק מנסיונות חיזבאללה להשתלט על מוסדות הרשות הפלסטינית.

נאאל יאסין, בן 30, הוא בין המבוקשים שנעצרו במהלך הפעילות. מדובר במבוקש בכיר מגדודי חללי אל-אקצה שמופעל וממומן על ידי חיזבאללה בלבנון. בעברו הוא שירת במשטרה הפלסטינית אולם ב-29 בספטמבר 2000 רצח קצין מג"ב, פקד יוסי טבג'ה, במהלך סיור משותף בקלקיליה. בחודש יוני 2006 היה יאסין אחראי לחטיפתו של הסטודנט בנג'מין פישביין, במהלך ביקור שערך בשכם. בסופו של דבר שוחרר פישביין רק בשל העובדה שהזדהה בפניו כאזרח אמריקני. יאסין פעל על מנת לממש פיגועי חטיפה נוספים באזור שכם, גייס מחבלים לפיגועי התאבדות והיה מעורב בהכוונת חוליות טרור לביצוע פיגועים.
מבוקש נוסף שנעצר הוא פואד עאצי, בן 21, תושב מחנה הפליטים בלטה בשכם. עאצי הוא פעיל ארגון תנזים שהופעל ומומן על ידי חיזבאללה ועל ידי פעילי טרור מרצועת עזה. הוא היה מעורב בשנים האחרונות באיתור כמות גדולה של מחבלים מתאבדים לצורך ביצוע פיגועים, ועמד מאחורי הכנת עשרות מטענים וחגורות נפץ.