נגד ליברמן מתנהלת חקירה בחשד לקשרים לא חוקיים שניהל לכאורה ברוסיה וחשדות לשחיתות במימון הבחירות של ישראל ביתנו בשנת 1999. גורמים במערכת המשפטית מעריכים כי מזוז יאיץ את החקירה בימים הקרובים, אך כיוון שמדובר בחקירה שעניינה גם בחו"ל, התמשכותה מתארכת מעבר למקובל, ולמעשה מתנהלת כבר שמונה שנים.
בשיחות סגורות הסביר היועץ המשפטי לממשלה כי הוא אינו נוטה להשאיר תיקים פתוחים זמן כה רב על שולחנו. אולם כיוון שבמקרה זה, כמו בפרשת מרטין שלאף ואריאל שרון (סיריל קרן) מדובר בחקירה שתלויה במה שקרוי בשפה המקצועית "חיקור דין", משך החקירה והבדיקה ארוך מהרגיל. חיקור דין הוא בקשה שמגישים בפרקליטות, במשרד המשפטים או בממשלה למדינה זרה, על מנת לקבל מידע או מסמכים הנוגעים לחקירה. הליך זה הינו סבוך מאוד ודורש זמן ארוך.
בסביבתו של ליברמן מלינים זה זמן רב על משך התנהלות החקירות נגדו, שמנעו למעשה את מינוי לתפקיד השר לביטחון פנים.
ראש הממשלה אהוד אולמרט פנה ליועץ המשפטי כבר כשהרכיב את הקואליציה לאחר הבחירות, כדי לקבל חוות דעת באשר למינויו של ליברמן. עמדת היועץ היתה כי הוא לא יוכל לכהן בתפקיד שר הממונה על רשויות אכיפת החוק, כלומר לא יוכל להיות שר המשפטים או שר לביטחון פנים, אך אין מניעה שימונה לתפקיד שר אחר. ככל הנראה היועץ עדיין מחזיק בעמדה זו.
עמותת אומ"ץ פנתה למזוז בדרישה כי יפרסם היכן עומד תיק החקירה נגד ליברמן. לפנייה זו נוספו קולות גם מן הכנסת, אולם על פי הערכות אין בכוונתו לחרוג מהנוהג לפיו לא מפרסמים פרטים על תיק חקירה שעדיין מתנהל, בעיקר מחשש לשיבוש הליכי החקירה.