הוא הצליח לקומם בעמדותיו חוגים דתיים שמרנים, ולאחרונה אף הוחרם על ידי גורמים חרדים שהביאו לביטול הרצאה שאמור היה לשאת בכנס רפואי בבני ברק. האם הרב יובל שרלו פותח חשבון גם עם תנועת חב"ד? שו"ת שפרסם ראש ישיבת ההסדר בפתח תקווה הצליח להקפיץ את הפלג המשיחיסטי בחסידות, זאת לאחר שכינה את הפתיחה באגרות הקודש "דרישה אל המתים". הדברים פורסמו גם באתר אינטרנט חב"די, ואחד הגולשים הבהיר לרב בתגובה: "אנו לא דורשים אל המתים אלא אל החיים".
לפני הכרעות חשובות נוהגים חסידי חב"ד, בעיקר המשיחיסטים, לבקש את המלצתו וברכתו של רבם. הם מקבלים על עצמם החלטה טובה, מעלים את שאלתם על הכתב ומכניסים את הדף באופן אקראי לתוך אחד מ-27 כרכי "אגרות הקודש", בהן מלוקטים תשובות שנתן האדמו"ר האחרון, רבי מנחם מנדל שניאורסון, לאנשים שפנו אליו בעניינים שונים.
בתשובתו כותב הרב כי "חסידי חב"ד מאמינים באגרות הקודש וזו זכותם, ברם מי שאינו חלק מחבורת חסידי חב"ד אינו מכיר כלל וכלל במושג הזה". הרב שרלו מזכיר כי "אין אנו דורשים אל המתים" ומונה שלוש סיבות לדבר: איסור תורה, היעדר בסיס להנחה כי "פתיחה" בספר כלשהו באופן מסוים נותנת לנו "תשובות מלמעלה" וכן חוסר היכולת לפרש נכון את מכתבי האדמו"ר. "על כן, בני את ביתך בדרך בה את מאמינה שיש לבנות את הבית", הוא מסכם, "ולחברתך אמרי כי לא כך מברכים ליום נישואין".
בעקבות פרסום השו"ת הובאה התשובה גם באתר האינטרנט חב"ד און-ליין. הרב המשיב זכה לשלל כינויי גנאי מהמגיבים, בהם "ליצן", "ראביי רפורמי", "זבוב קצוץ כנפיים", "יובל המבולבל" ו"עם הארץ", ואף נכתב כלפיו כי "על רבנים כאלה אומרים אל תדרוש אל המתים. רשעים בחייהם קרויים מתים".
אחד הגולשים פנה לרב שרלו באמצעות אתר "מורשת", וכתב: "ברצוני להבהיר שגם אנו לא דורשים על המתים אלא על החיים, כי אנו מאמינים באמונה שלמה בדברי הרבי שנאמרו בצורות שונות ובפעמים רבות, שבדור זה אין הסתלקות הנשמה מהגוף ושהוא מלך המשיח. בהתאם לכך אנו מתייחסים לאגרות הקודש". על כך השיב הרב כי "לא ניתן לקבל עמדה זו".