למרות ההכחשות הרשמיות, מנכ"ל רכבת ישראל מודה בדו"ח פנימי שהגיע לידי ynet: רמת הבטיחות ברכבת אינה גבוהה מספיק. דברים חריפים אלה של מנכ"ל החברה, יצחק הראל, נכתבו בסיכום תחקיר אירוע בטיחות חמור, שאירע לפני כשבועיים. רכבת נוסעים שיצאה ממודיעין לא הצליחה לבלום בתחנה המיועדת, בגלל ליקויים מסוכנים בהכנת הרכבת לנסיעה. לדברי המנכ"ל, "בנס לא התרחש אירוע חמור יותר".

רכבת ישראל: המנכ"ל מצביע בדו"ח הפנימי על כמות מטרידה של בעיות
במסקנות התחקיר, המתפרסם כאן לראשונה (לחצו כאן כדי לקרוא את כולו), מצביע המנכ"ל על שורה ארוכה של ליקויים:
ומדוע זה קורה לגישתו של הראל? "יתכן שתהליכי החיסכון וההתייעלות אשר התרחשו בשנים האחרונות, הובילו לביטול בעלי תפקידים שונים אשר עסקו בתהליכי התפעול השונים", הוא אומר. כל זאת הביא את הראל להביע חשש כי "תהליכי התפעול (ברכבת, ש.ה) אינם מתקיימים ברמת הבטיחות הנדרשת".
בהמשך הדברים, מנחה הראל את אנשיו לבדוק "האם ביטול תפקידי בודקי הקרונות, אשר נערכו לאורך השנים, לא פגע בתהליך הכנת הרכבות בבטיחות התפעולית הנדרשת". הראל מפנה אצבע מאשימה גם כלפי נהלי עבודה: "יש לבחון את שעות העבודה של הנהגים, בדגש על בחינת אפקטיביות פעילותם של נהגים בשעות הלילה".
בשיחה עם ynet, אומר היום נהג קטר כי בעיית שעות העבודה מוכרת היטב להנהלה - אלא שדבר לא נעשה כדי לשנות את המצב. "הכל הוא תוצאה של שעות עבודה לא נורמליות. אנחנו עובדים לפעמים שמונה ושמונה וחצי שעות בלילה - זה מטורף, וזה פוגע בבטיחות".
הטיפול בשלושת העובדים אמור להיות חמור: לאחר שנקבע כי "ניכר שצוות הרכבת ומנהל התחנה לא ביצעו את הנדרש מהם", הנחה המנכ"ל להעמיד את שלושת העובדים לדין משמעתי. זאת, מתוך כוונה "שהעונש ירתיע את העובדים ויימנע הישנות מקרים דומים".
נקודה נוספת העולה מהדו"ח החמור, חושפת באור בעייתי את העובדה כי הרכבת מתנהלת בפועל ללא פיקוח או ביקורת על עבודת החברה מצד גורם חיצוני-מקצועי. "אגף רישוי מסילתי" שהוקם לפני כחצי שנה במשרד התחבורה, אמור אמנם לבצע זאת, אך כולל צמד עובדים בלבד.
מרכבת ישראל וממשרד התחבורה לא נמסרה תגובה לאמירות המנכ"ל שנחשפו בכתבה.