מבקר המדינה כתב בדו"ח המתפרסם אחר-הצהריים (יום ג') כי העיקרון בהעברת האחריות למעברים לאזרחים הוא שאם הם יבצעו את משימות האבטחה ולא אנשי ביטחון לובשי מדים, יפחת החיכוך בין אנשי האבטחה לעוברים במעברים. הוא כתב כי יש גם יתרונות נוספים, כמו אחידות ושילוביות מהבחינה המבצעית, התפעוליות הטכנולוגיות, התמקצעות הגופים האחראים לטיפול המעברים וחיסכון ויעילות בפעילותם - כמו גם קיצור זמן הטיפול, שימור רמת השירות וחיסכון בכוח אדם צבאי.
קראו עוד מתוך דו"ח הביקורת 61 א':
מבקר המדינה נגד תופעת "צבא ההגנה לנדל"ן"
ביקורת קשה על המוסד: מינהל לא תקין
לאן נעלמו נתונים על אובדן ציוד בצה"ל?
המבקר מצא כי בשל עיכובים מתמשכים במימוש פרויקט האזרוח, רק רבע מהמעברים אוזרחו במלואם והאחריות עליהם הועברה מצה"ל לרשות המעברים היבשתיים שבמשרד הביטחון. במעברים שהמשטרה אחראית לתפעולם, באזור "עוטף ירושלים", אוזרח תחום האבטחה הפיזית בלבד. המבקר העיר כי עיכובים בתהליך אזרוח המעברים בין ישראל לגדה, שמקורם בעיקר בהיעדר תוכנית כוללת ומתוקצבת, גורמים לליקויים משמעותיים בתחומים ביטחוניים וכלכליים.
עוד עולה מהדו"ח, כי המשטרה אינה מקיימת את הוראת השב"כ. המבקר כתב כי ההחלטה המחייבת את השב"כ להנחות את המעברים בתחום הטיפול הביטחוני בנוסע, לא בוצעה במעברי "עוטף ירושלים" שהמשטרה אחראית להם, עקב התנגדותה של המשטרה לקבל הנחיות מהשב"כ. המבקר העיר כי מפני שהמשטרה אינה מאפשרת לשב"כ להנחות את העובדים במעברים, נוצרו פערים ביטחוניים רבים. במשטרה אמרו בתגובה: "אנחנו גוף מנחה ולכן לא סביר שתונחה על ידי גוף אחר".
המבקר כתב בנושא זה, כי בהתחשב בכך שבהחלטת המשטרה נקבע כי השב"כ הוא הגוף המנחה בתחום הטיפול הביטחוני בנוסע בכל המעברים, פרט למעברי צה"ל, תגובת המשטרה אינה מקובלת ועליה לקבל את החלטת הממשלה בהקדם. המבקר כתב עוד, כי יש לראות בחומרה את העובדה כי מאז אפריל 2006, אז הועברו המעברים באזור ירושלים למשטרה, היא עומדת בהתנגדותה לקבל הנחיות מהשב"כ. לדעת המבקר, התמשכות הבעיה במלוא חריפותה מחייבת התערבות דחופה של הדרג המדינה - השר לביטחון הפנים ובמידת הצורך גם ראש הממשלה.
הוא גם התייחס בביקורת לפעולה המשותפת של חיילים ושוטרים. המבקר כתב כי הוא שב ומעיר כי הפעלת חיילי צה"ל בכפיפות לפיקוד המשטרה במעברים אינה מעוגנת בתשתית חוקית הולמת, וכי ספק אם הכפפת חיילים במישרין לפיקוד המשטרה מתיישבת עם חוק יסוד הצבא, שבו נקבע כי הדרג הפיקודי העליון בצבא הוא הרמטכ"ל. המבקר כתב כי יש לראות בחומרה את העובדה שהנושא טרם הוסדר, למרות שמשרד המבקר התריע עליו בעבר.
בנוסף נמצא בביקורת פער גדול בין מספר המאבטחים במעברי "עוטף ירושלים" למספרם לפי התקן. המבקר כתב כי מדובר בפער משמעותי מאוד, ויש בכך כדי לפגוע פגיעה ברמת הביטחון במעברים. הוא כתב עוד, כי הליקויים המצטברים שהועלו בנושא האבטחה והבידוק הביטחוני במעברים הם חמורים, בין היתר בשל היעדר התייחסות להנחיות השב"כ.
המבקר כתב גם כי הוא מעיר בחומרה כי תהליך אזרוח המעברים היה לקוי. "אמנם", כתב השופט בדימוס מיכה לינדנשטראוס, "משרד מבקר המדינה אינו דן בקביעת סדר העדיפויות הלאומי, אולם אין להסכים לכך שנושא בעל חשיבות רבה יהיה נתון לשיקול דעתם של משרדי הממשלה השונים, ללא יד מכוונת במישור הלאומי. תהליך שהחל ב-2003 אינו מתבצע בפועל על בסיס תוכנית כוללת שיעדיה ברורים, אלא מתוך ראייה משרדית סקטוריאלית, שאינה משולבת ומתואמת עם ראייה לאומית מוסכמת".
בביקורת נמצאו גם ליקויים במעברים שצה"ל אחראי עליהם, בנוגע למעבר משאיות עמוסות פסולות מישראל לגדה. לדברי המבקר, יש בנושא זה משום פירצה לביצוע מתמשך של עבירות פליליות של השלכת פסולת באתרים לא מורשים ביהודה ושומרון והדבר גורם לפגיעה חמורה באיכות הסביבה.
ממשרד הביטחון נמסר בתגובה: "עמדת משרד הביטחון היא כי יש להמשיך באזרוח המעברים מהר ככל הניתן, לכשיועמדו לכך התקציבים הנדרשים על ידי הממשלה". ממשטרת ישראל לא התקבלה תגובה.