הפשרת הקרקעות חקלאיות - סיפור בהמשכים
בשנות ה-90 קבע המינהל את התנאים שבהם ניתן לבצע שינוי לייעוד קרקע ציבורית ממטרה חקלאית למטרות אחרות אך אלה בוטלו על ידי בג"ץ ב-2002. גופים רבים יצאו נגד ההטבות שמקבלים המושבים והקיבוצים והחלטות המינהל שונו
הקרקעות החקלאיות ריכזו עניין רב בשנים האחרונות והפכו למוקד. מדובר בקרקעות מינהל מקרקעי ישראל ששוות היום הון. בשנות ה-90 קבע המינהל את התנאים שבהם ניתן לבצע שינוי לייעוד קרקע ציבורית ממטרה חקלאית למטרות אחרות (החלטות - 717,727 ו-737) אך אלה בוטלו על ידי בג"ץ ב-2002 וועדה מיוחדת הוקמה מטעם המינהל לגבש מחדש את תנאי הפשרת הקרקע. בספטמבר 2003 אישרה מועצת המינהל את השינויים.
על החלטת המינהל הוגשו לבג"ץ 15 עתירות על ידי הקשת הדמוקרטית המזרחית ואחרים בדרישה לצמצם הוראות המינהל, בטענה כי המושבים והקיבוצים נהנים מהטבות ללא פרופורציה. עוד נטען, כי ההטבות אינן משקפות כל צדק חלוקתי של הקרקעות אלא משמשות לעשיית עושר של בעלי הון.
הטענות נדחו על ידי בג"ץ באפריל 2004, אך בתקופת העתירה צומצמה יכולת השימוש בהוראות המעבר ועד סוף 2003 כמעט שלא אושרו עסקאות.
תוך כדי כך הקים המינהל צוות מיוחד שבסופו של התהליך גיבש 3 החלטות העוסקות בשינוי ייעוד קרקע חקלאית - 949, 959 ו-969. החלטה 959, הנוגעת להפשרת קרקע חקלאית למגורים, (החליפה את החלטה 737) צמצמה את גודל המגרשים במרכז הארץ מ-500 מ"ר ל-350 מ"ר, כמו כן הועלו דמי החכירה המהוונים ל-91% במרכז הארץ ול-51% ו-31% באזורי עדיפות.