בימים אלה החלו עבודות לבניית גדר ההפרדה במדבר יהודה, ממצודות יהודה בדרום ועד להר חולד במרכז המדבר. היא נבנית בניגוד להבטחות שניתנו בעבר לחברה להגנת הטבע על ידי מינהלת גדר ההפרדה, לפיהן לא תוקם באזור גדר בחתך האופייני לה, אלא יותקנו אמצעים אלקטרוניים לאיתור מסתננים, תוך סלילת דרך משודרגת שתאפשר ניידות מהירה ממקום למקום לכלי רכב צבאיים. אך הגדר שתוקם כוללת תעלות, דרך טשטוש, גדרות וכבישי סיור, כמו במקומות אחרים בארץ.
מדבר יהודה הוא אחד האיזורים היחידים בארץ שקיים בו שילוב מדהים של נופי מדבר שונים, הכוללים מניפות סחף, נאות מדבר אחדות (שהגדולה בהן בשטח ישראל היא נאת עין גדי), מצוקים נישאים, רמה מדברית ומורדות הרי חברון - שבהם מתרחש המעבר החד מעולם חי וצומח ים-תיכוני למדברי. ייחודו הנופי, הביולוגי וההיסטורי של מדבר יהודה הינו נכס לאומי יחיד במינו. הוא משמש מקום משיכה לעשרות אלפים המבקרים בו כל שנה, ונהנים מנופיו ומעולם החי והצומח שלו.
הקמת גדר הפרדה והמחסום הפיזי הנלווה לה, יגרמו לפגיעה אנושה, בלתי הפיכה ורבת פנים במדבר יהודה. הגדר תחצה את המדבר במרכזו ממצדות יהודה דרך הר חולד ועד הקניון של נחל ערוגות, וינתק את יחידת הנוף של מצוק ההעתקים מיחידת הנוף של רמת המדבר. הקמתה והקמת המחסום הפיזי המלווה אותה יגרמו ללא ספק לפגיעה חמורה ביותר במשטר הזרימה של מי הגשמים, לניתוק אפשרויות נדידת ציפורים, לניתוק בין אוכלוסיות של בעלי חיים משני עברי הגדר ולפגיעה בבתי הגידול ובקיום מחזור החיים הטבעי של בעלי חיים כמו יעלים ונמרים.
לאורך ההיסטוריה ביצר האדם את אזור המדבר כדי למנוע תקיפה צבאית או מעבר של מסתננים, שהגיעו בדרך כלל ממזרח לערים בהרי יהודה, דוגמת ירושלים. בתקופה הישראלית נבנו מצודות קטנות על הגבעות שברמת המדבר. החשמונאים והרומאים בנו וביצרו את האזור למרגלות מצוק ההעתקים התלול, לחוף ים המלח, הוא קו המצודות ממצדה בדרום ועד סרטבה בצפון. בימי המנדט הבריטי נבנו המשטרות בספר המדבר בין רמת המדבר להרי יהודה.
כל קווי הביצורים האלה העניקו נקודות תצפית מצויינות, לצד נקודות יציאה לסיורים רגליים. למרות בניית הביצורים, לאורך כל התקופות התאפשרה תנועה של בעלי חיים ממזרח למערב. דבר זה הבטיח את המשך קיומו של מדבר יהודה כיחידה אחת ואת קיומה ובריאותה של המערכת האקולוגית במשך כל השנים.
דווקא היום, כשכל האמצעים האלקטרוניים והטכנולוגיות המתקדמות עומדים לרשותינו, מדינת ישראל מבצעת עבודות בהיקפים ובאמצעים הרסניים שהנוף המדברי והמערכת הטבעית במדבר יהודה אינם יכולים ולא יוכלו לסבול לאורך זמן. דווקא היום נראה שאיננו שואלים האם ניתן לספק את צרכי הביטחון באזור זה, תוך מיתון ומיזעור הפגיעה באזור המיוחד ושימורו למען הדורות הבאים.
לא בכל מקרה של הקמת הגדר על חשבון הטבע קמה החברה להגנת הטבע נגד הגדר. כך היה למשל בנוגע לבניית חומת הבטון שבין קלקיליה וכביש 6, ובאיזור הגלבוע, שם קיימת קירבה פיזית של יישובים פלסטינים וישראלים. אולם במדבר יהודה, שבו אין קירבה פיזית של יישובים ויש מרחב מדברי קשה למעבר, יש מקום לשקול אמצעים אחרים שאינם כה פוגעניים.
אין ספק שמצבה המדיני והפוליטי של ישראל אינו יציב, אך יש לזכור- מלחמות ומאבקים היו כאן תמיד, ובתוכם הצליחה להישמר יחידת הנוף המיוחדת כל כך של מדבר יהודה.
