התהליך יחל בפועל ככל הנראה לפחות עוד מספר חודשים - בשל הזמן הנדרש להיערך לניסוי, והתקנות שצריכים לקבוע במשרד הפנים. אז יתבקשו אזרחי ישראל לגשת למשרד הפנים (או לתחנות צילום כמו ברשיון נהיגה), להצטלם במקום להביא תמונה מהבית (בדומה לצילום עבור רשיון נהיגה) ולספק טביעות אצבע על גבי סורק אלקטרוני (בדומה לכזה שיש במחשבים אישיים, ובשירות התעסוקה - בלי ללכלך את היד בדיו). הטביעות יילקחו משתי האצבעות המורות של שתי הידיים.
התמונות וטביעות אלה יישמרו על גבי שבב אלקטרוני שיכלל בתוך התעודה, ובמקביל ישלח למאגר שינוהל על ידי רשות שתפעל תחת משרד הפנים, עם ממונה על אבטחת מידע. המידע יימחק אז מהמחשב ממנו נלקח לצורך ההנפקה וישמר רק במאגר שיהיה מוצפן ומנותק פיזית מרשתות אחרות. תמונה באיכות מופחתת תישמר במאגר משרד הפנים.
מי שיסרב להצטלם או לתת את טביעות אצבעותיו - לא יוכל לקבל דרכון ותעודת זהות חכמים, אלא בשנתיים הקרובות יקבל תעודות נייר פשוטות, כפי שהיו. מי שיצטרך בכל זאת דרכון ביומטרי עבור מדינה אליה הוא נוסע ודורשת דרכון כזה, יוכל לקבל ממשרד הפנים - "מסמך נסיעה מיוחד", שיכיל את טביעות אצבעותיו ותצלום ביומטרי - אך שאיננו דרכון. כיון שהדבר כרוך באישור שר הפנים, סביר להניח שתהיה בירוקרטיה כרוכה בעניין.
סביר להניח שכדי לדרבן אזרחים להצטרף למאגר, מי שעדיין יחזיקו בתעודות נייר, יקבלו שירות פחות באיכותו במשרדי הפנים. בנוסף, תישלל מהם האפשרות ליהנות משירותי "ממשל זמין" באמצעות האינטרנט ומחייבים תעודת זהות חכמה.
שוטרים ואנשי בטחון (או בעלי תפקיד אחרים שיסמיך שר הפנים) יוכלו לוודא שאדם שנושא תעודה הוא אכן הבעלים שלה, על ידי השוואה בין המידע שנמצא על התעודה, לבין המידע הפיזי אותו אפשר לקחת מאדם. כלומר - אדם יתבקש, למשל, להניח את אצבעו על קורא טביעת אצבע, ותיבדק התאמה בין האצבע למידע על התעודה.
במקרים בהם אין התאמה, במקרים של אובדן תעודה ובמקרים נוספים שיהיה צריך לזהות אדם ללא מסמך מזהה - ילקחו טביעות אצבע ותצלום פניו - אלה ישלחו לרשות, והיא תחזיר תשובה במקרה של מציאת זהות תואמת במאגר. התאמה של טביעת אצבע בודדת עשויה להעלות מספר תוצאות, ולכן נלקחים כל הנתונים.
