צה"ל פרסם סרטון: לא גרמנו למות 16 בבי"ס
חקירת הירי על בית הספר של אונר"א בבית חאנון העלתה כי בחצרו אכן פגע פגז ישראלי תועה, אולם היא הייתה ריקה אז. "ייתכן שכמה נפצעו מרסיסים", הודה דובר צה"ל, והציע עוד הסבר: אולי לביה"ס הובאו נפגעים ממקום אחר
אחרי התקרית מסרו גורמים רשמיים ברצועה כי במקום לפחות 15 הרוגים, בהם תינוק בן שנה, וכי יותר מ-200 נפצעו. הרשויות בעזה גם מסרו כי בחצר שנפגעה מכמה פגזים התגודדו תושבים שברחו מצפון הרצועה והשתכנו בבית הספר. לפי עדויות, שלוליות גדולות של דם נמצאו על הרצפה ועל שולחנות תלמידים שהוצבו בחצר בית הספר, בסמוך למקום שבו ככל הנראה נפל הפגז. עם פרסום ממצאי הבדיקה הדגיש נציג דובר צה"ל כי "אנחנו דוחים כל טענה כי אנשים נהרגו כתוצאה מפגיעת פגז צה"לי בשטח בית הספר".
הוא גם הבהיר כי לא היה זה ירי מכוון, אך הודה כי ייתכן שכמה בני אדם נפצעו מרסיסים. הוא גם הציע הסברים נוספים לתמונות שפורסמו בתקשורת, בהם האפשרות שהפצועים הובאו למתחם בית הספר אחרי שנפצעו במקום אחר. צה"ל אף פרסם סרטון באורך 30 שניות שמתעד את הפיצוץ בחצר בית הספר, אולם כלי תקשורת זרים שדיווחו על כך הדגישו כי איכות הסרטון לא מאפשרת לקבוע אם אכן החצר הייתה ריקה, כפי שדיווח הצבא.
התקרית עוררה תגובות חריפות משורה של גורמים רשמיים. בין היתר, מזכ"ל האו"ם באן קי מון מסר שהוא
"מזועזע" מהירי על בית הספר שבצפון רצועת עזה. "אנשים רבים נהרגו, בהם נשים וילדים, כמו גם צוות של האו"ם", נמסר בהודעת באן. "נסיבות האירוע עדיין לא ברורות. אני מגנה בתוקף את המעשה הזה". גם מזכיר המדינה האמריקני ג'ון קרי התייחס למקרה ואמר כי הוא מחדד את הצורך בהפסקת אש, וקרא לשני הצדדים להכפיל את מאמציהם למנוע פגיעה באזרחים.
באונר"א גם טענו כי העבירו לצה"ל נקודות ציון מדויקות של המתקן שהופצץ כדי שיימנע מפגיעה בו, והאשימו כי ניסו לשווא להסדיר עם ישראל את פינוי האזרחים הפלסטינים ששהו בבית הספר לפני ההפגזה. בצה"ל דחו מיד אחרי התקרית את הטענות כי מנעו פינוי פליטים, וציינו כי ייתכן שהייתה זו פצצת מרגמה של חמאס אשר פגעה בבית הספר, שכן אף הוא ביצע ירי לעברו.
