מבקר המדינה בדו"ח לשנת 2001 מותח ביקורת על האופן, שבו משרד האוצר פועל ליישום התקציב ועל הדרך שבה המדינה מחלקת תמיכה למוסדות ציבור. לשם כך, הוקמה מערכת תמיכות רוחבית, שאמורה לשמש כלי מרכזי בעבודתן של ועדות התמיכה וכלי פיקוח עיקרי למניעת כפל תמיכות.
המבקר קובע, כי בסוף 2001 לא נכללו בה תמיכות ותשלומים בהיקף גדול מכמה משרדי ממשלה: משרד הדתות, משרד החינוך ומשרד הביטחון. "העדר הנתונים", קבע המבקר, "מקטין במידה ניכרת את יעילותה של המערכת, ואינו מאפשר איתור של כפל תמיכה".
המבקר ציין, כי המשרדים אינם מכינים תוכניות רב-שנתיות; לא נמצא שהביקורת הנעשית נקבעת על פי מדגם שיטתי ולא נמצא שנקבע מספרם או שיעורם של המוסדות שייבדקו בכל שנה.
משרד הדתות
במשרד הדתות נמצא כי בשנים 1998-2000 השתתף המשרד במימון אירועים תורניים שיזמו גופים שונים, אולם אף שלפי המאפיינים מדובר למעשה בתמיכות שהיו צריכות להינתן על פי חוק התקציב, המשרד הגדיר את השתתפותו "רכישת שירותים", ובכך פטר את עצמו, לכאורה, מההוראות החלות על תמיכות.
המבקר הוסיף, כי במשרד הדתות אין מערכת המאפשרת בקרה ראויה על התמיכות שהמשרד נותן לישיבות בעבור תלמידים מחו"ל, אין הצלבה בין רשימות התלמידים שישיבות מדווחות עליהם לבין נתוני משטרת הגבולות ומשרד הפנים; ואין בודקים בשיטתיות אם בעל הדרכון מחזיק גם בתעודת זהות ישראלית ומדווחים עליו פעמיים.
כמו-כן נמצא כי שיעור גדול של תלמידים "דחויי גיוס", שלפי רשימות צה"ל לומדים בשמונה ישיבות שאינן מוכנות לבקש תמיכה מתקציב המדינה, היו רשומים במצבת התלמידים של משרד הדתות כאילו הם לומדים בישיבות הנתמכות בידי המשרד.
משרדי המדע והמסחר והתעשייה
במשרד המדע מצא המבקר כי הוא משלם תמיכות בהיקף גדול, אך למרות זאת המשרד לא פרסם ב"רשומות" את רשימת המוסדות שקיבלו ממנו תמיכה, כנדרש על פי החלטת הממשלה והוראות החשב הכללי.
עוד קובע המבקר, כי טיפולו של משרד התעשייה והמסחר בהעברת התמיכות לשנת 2000 למכון היצוא ולמועצה הישראלית לצרכנות, וכן תקצוב התמיכה, אינם עולים בקנה אחד עם הוראות החוק ועם נוהל התמיכות שקבע שר האוצר.
נושא נוסף שנבדק היה כוח האדם במשרדי הממשלה, במיוחד העסקתם של עובדים קבלניים. נמצא כי למשרד האוצר ולנציבות שירות המדינה אין נתונים מלאים ועדכניים על היקף העסקתם של עובדים קבלניים ואין הגבלה על מספרם. "מן הראוי להדק הפיקוח על מספר העובדים הקבלניים, תנאי העסקתם ומשך ההתקשרויות עמם", כתב המבקר.
