63 חיילים סירבו פקודה במהלך תכנית ההתנתקות, מהם בסך הכל 24 בקרב ישיבות הסדר, כך מסר היום (ד') הרמטכ"ל לחברי ועדת חוץ וביטחון. ועדת המשנה לכוח אדם קיימה היום דיון טעון בנושא בהשתתפות ראש אכ"א, האלוף אלעזר שטרן. הוועדה דנה בהתבטאויות חלק מראשי ישיבות הסדר ותמיכתם בסירוב פקודה לפינוי גוש קטיף. מתוך 63 החיילים, 50 הם חיילי חובה, 8 בקבע ו-5 חיילי מילואים.
האלוף שטרן אמר בדיוני הוועדה כי ישנם שני ראשי ישיבות הסדר שהתבטאו בפומבי בעד סירוב פקודה. לדבריו, "שר הביטחון יבדוק עם היועץ המשפטי כיצד ניתן לבטל את ההסדר עם שתי הישיבות".
כבר בפתח הדיון התגלעה המחלוקת כאשר יו"ר הועדה ח"כ דני יתום (עבודה) דרש מראש אכ"א תמונת מצב המבהירה מי הם הרבנים שקראו לסירוב פקודה. ח"כ אפי איתם (איחוד לאומי) התפרץ וטען כי לראש אכ"א אין סמכות בעניין וכי "אסור לו לשמש כמשטרת מחשבות".
לדבריו "יתום ידוע בפתיל הקצר שלו והוא מנסה לגרום לראש אכ"א לתת לו נתונים על התבטאויות של רבנים שהם אזרחים . מדובר במכשול כי זה לא תפקידו של ראש אכ"א. מדובר ביו"ר ועדה עם כושר שיפוט מאוד מוגבל".
ח"כ איתם הוצא מהדיון, בליווי סדרני הכנסת, ובעקבותיו יצא בזעם גם ח"כ אריה אלדד. רק בעקבות הפצרותיו של יו"ר ש"ס אלי ישי כי "לא יפקירו את הדיון ואת הרבנים לבד להתקפות של יתום ושריד" נאותו השניים להירגע ולחזור לדיון. ח"כ אלי ישי טען בדיון כי "אסור כלל להעלות על הדעת אפשרות של פירוק ישיבות ההסדר בשל תרומתם האדירה לביטחון ישראל".
לעומתו, אמר האלוף אלעזר שטרן כי "לא מקובל שיש שני מקורות סמכות גם של רבנים וגם של הצבא וכי יש לעשות לכך סוף". עוד הוסיף כי הוא מאוד מעריך את תפקודם של בני ישיבות ההסדר בכלל, אולם צה"ל פועל לשילובם ביחידות וכי בעתיד לא יהיו יותר פלוגות שלמות של בני ישיבות". ראש אכ"א הוסיף כי 88% מחיילי ההסדר הם קרביים, וכל בני הישיבות מהווים בסך הכל כ-6,000 חיילים בצה"ל.
בישיבה השתתפו גם ראשי איגוד ישיבות ההסדר והרבנים הרב שלמה רוזנפלד, הרב דוד סתיו , הרב אליהו בלומצויג והרב נחום רבינוביץ.
