בגלל הבצורת, מאגרי המים השפירים בישראל מתרוקנים. השימוש בקולחים - שפכים מטוהרים - הוא אם כן חלופה זולה ויציבה, משאב זמין וטוב שיכול לחסוך שימוש במים שפירים, אותם ניתן להעביר לצרכים אחרים. מדינת ישראל היא אמנם שיאנית העולם בניצול קולחים, אך מבקר המדינה מלא ליקויים רבים, ביזבוז מים וכספים ובעיקר התנהלות עם ריח לא נעים של רשלנות.
דו"ח המבקר מצביע על סחבת קשה בכל הקשור לניצול שפכים, ועיכובים של שנים ארוכות בהקמת מאגרי שפכים ומכוני השבת מים. החלטות ממשלה לא מיושמות, כספי ציבור יורדים לטימיון וליקויים שגרמו - ועלולים לגרום גם בעתיד - למפגעים סביבתיים חמורים.
באחת הדוגמאות מתייחס המבקר לעובדה שהממשלה החליטה כבר בשנת 2000 לעודד מפעלי השבת קולחים שיאפשרו שיחרור של 150 מיליון קוב מים שפירים למשק. אלא שעד סוף 2007 המירה רשות המים רק 46 מיליון קוב קולחים ב-38 מיליון קוב מים שפירים – רבע מהכמות שהייתה אמורה להמיר.
כשל נוסף קשור בקצב הקמת מאגרי הקולחים - שאוגמים את המים המטוהרים לשימוש חקלאי. בגלל חסם ביורוקרטי במנהל מקרקעי ישראל, לא מופשרות קרקעות להקמת המאגרים ומים מטוהרים, שהושקע בהם כסף ושניתן היה לנצל - מוזרמים לים.
הסחבת מבזבזת כספי ציבור: אוכלוסיית ישראל מרוכזת במישור החוף אך הקרקע החקלאית שצריכה את הקולחים נמצאת מצפון ומדרום. הממשלה אישרה מתן תמירצים נדיבים לפרוייקטים לניוד הקולחים, אך הקמתם מתעכבת כבר שנים רבות בעוד שהכסף הוזרם מזמן. היבט נוסף של נושא זה הוא הכורח להזרים את עודפי הקולחים לנחלים - דבר הגורם לזיהום אקולוגי חמור.
הזיהום נגרם, בין היתר, משום שהקולחים אינם עומדים בתקנים, ואינם נמצאים תחת פיקוח.
באשר לאיכות הקולחים, המבקר מציין כי למרות החלטות ממשלה משנת 2000 ומשנת 2005, טרם אושרו התקנות המתאימות לעידכון של תקן איכות הקולחין למרות שנכתבו. התוצאה היא שמתקני טיהור השפכים מחוייבים לעמוד בתקן מיושן, והדבר גורם לזיהום חמור של הקרקע ומי התהום. יתרה מזאת: בשל העובדה שאיכות המים אינה טובה מספיק, יש מגבלה בשימוש בהם ואין מנוס מהמשך השימוש הבזבזני במים שפירים הנחוצים למשק המים.
מדו"ח פעילות של משרד הבריאות משנת 2007 עולה כי רק 15 אחוז מהקולחים הם באיכות גבוהה מאוד המאפשרת השקייה ללא הגבלה. 62 אחוז ברמה בינונית ו-23 אחוז ברמה בלתי תקנית. עוד עולה כי למרות שהממשלה החליטה ב-2005 לשפר את איכות הקולחים, עד שנת 2007 גדלה כמות הקולחים באיכות גבוהה באחוז אחד בלבד.
היבט נוסף הוא הפיקוח על מאגרי המים. המבקר מצא שאין פיקוח סדיר, ובמאגרים נמצאים ליקויים בטיחותיים רבים. לפי מסמך של האגף לשימור קרקע וניקוז במשרד החקלאות ממאי 2002, במשך השנים היו תשעה מקרים של פריצות מים חמורות ממאגרי מים; בשלושה מהמקרים היה מדובר במאגרי קולחים - גם ביזבוז וגם זיהום.
"אף כי משבר המים במדינה הוא בעיה לאומית בעלת חשיבות עליונה... משק המים במדינה עומד בפני שוקת שבורה פעם אחר פעם... משבר מתמשך ומסוכן עלול לגרום לכך שלא יתאפשר לספק לתושבי המדינה מים לצורכיהם הבסיסיים. על הגורמים המעורבים במשק המים ליישם את החלטות הממשלה לטיפול במשבר, להקצות את המשאבים הדרושים ולהקפיד להוציא לפועל את התכניות בתוך פרק זמן קצר", כתב המבקר.
