קו הרכבת לנתב"ג צפוי להיפתח במרץ 2004
כשלושה חודשים לפני פתיחתו של הטרמינל החדש "נתב"ג 2000". בהקמת הקו הושקעו 370 מיליון שקל
ממשרד התחבורה נמסר כי נבחנת האפשרות להפעיל הסעות מתחנת הרכבת בנתב"ג לטרמינל הישן, עד שיפתח הטרמינל החדש. לכשיפתח הטרמינל החדש, "טרמינל 3", הגישה אליו מתחנת הרכבת יבוצע באמצעות דרגנועים.
משך הנסיעה מנתב"ג לתל אביב יהיה 10 דקות בלבד. בשלב הראשון יפעלו בקו שתי רכבות בשעה ובשלב מאוחר יותר תגדל התדירות לארבע רכבות בשעה.
פרויקט הרכבת לנתב"ג כולל הקמת מסילת ברזל חדשה באורך של 7.5 ק"מ, מצומת שפירים ועד לטרמינל 3. עלות הפרויקט - כ-370 מיליון שקל. הפרויקט כולל 3 מנהרות רכבת באורך כולל של 700 מטר ו-4 גשרים.
שר התחבורה העריך, כי בשנה הראשונה ישתמשו בקו 900 אלף נוסעים, ובתוך כ-4 שנים יגדל המספר ל-2 מיליון. קו הרכבת לנתב"ג הוא חלק מקו הרכבת המהיר בין ירושלים לנתב"ג שיעבור דרך מודיעין, שער הגיא ויגיע עד לכניסה לירושלים. מסילת הרכבת מנתב"ג למודיעין צפויה להיחנך בנובמבר 2005 וב-2009 יחנך הקו תל אביב-ירושלים.