ברק על הרב מלמד: אי אפשר לפגוע בצה"ל ולקבל
בתשובה לעתירת 63 תלמידי ישיבת הר-ברכה, שהוצאה מההסדר, טען שר הביטחון: "רב ישיבה אינו יכול להחליש את עקרון המרות, לפגוע בצה"ל, ללעוג למפקדיו לתמוך בסירוב פקודות - ועדיין ליהנות מההטבות שמעניקים צה"ל ומשרד הביטחון"
תחקירים שנערכו בצה"ל, בעקבות אירוע הנפת השלט בטקס ההשבעה של גדוד שמשון בכותל, העלו כי תלמידי ישיבת ההסדר בהר ברכה מקבלים מהרב אליעזר מלמד מסרים, שלפיהם אין לציית לפקודות שאינן עולות בקנה אחד עם השקפתו הפוליטית. דברים דומים נכתבו גם בספרו של הרב. כך נטען בתשובת שר הביטחון, אהוד ברק, שהוגשה היום (ה') לבג"ץ, בעקבות העתירה של תלמידי הישיבה שהוצאה מההסדר - שטענו ל"ענישה קולקטיבית".
63 העותרים, באמצעות עו"ד גלעד קורינאלדי, מעידים על עצמם כעל "תלמידים נורמטיביים, אזרחי המדינה, שומרי חוק" ש"אינם עסוקים
ומתערבים בשיח ההלכתי שנוצר סביב הפרשה". לפיכך הם רואים עצמם רק צד שלישי בה, וקובלים על כך שכתוצאה ממנה הם "נפגעים במישרין" ומשלמים "מחיר יקר".
שר הביטחון וצה"ל בתגובתם מדגישים את חשיבותן ישיבות ההסדר לצה"ל: "יודגש כי אין חולק בדבר חשיבותו של מסלול ישיבות ההסדר, מן הבחינה הערכית. מפעל ישיבות ההסדר הינו מפעל בעל חשיבות רבה, שלא לחינם זכה בפרס ישראל. שר הביטחון מכיר בתרומתם המשמעותית של חיילי מסלול ההסדר בשורות צה"ל, בשירות סדיר ובמילואים. מפעל ישיבות ההסדר מאפשר לצה"ל תפקיד מרכזי ועליון בהגנה על ביטחונה של מדינת ישראל, אזרחיה ותושביה".
יחד עם זאת, נכתב בתשובה - כי המדינה מבהירה, שהרב מלמד חצה את גבולות הממלכתיות, מסרב להכיר בעיקרון קבלת המרות ובחובת הציות לפקודות בצה"ל: "ההחלטה שהתקבלה בעניין ישיבת הר ברכה משדרת מסר ברור, חד ותקיף, שלפיו רב ישיבה אינו יכול להחליש את עקרון המרות, לפגוע בצה"ל, ללעוג למפקדיו לתמוך בסירוב פקודות, לסרב להתנצל ולהבהיר עמדתו כאשר ניתנת לו ההזדמנות לעשות כן - ועדיין ליהנות מהפריבילגיה ומההטבות שמעניקים צה"ל ומשרד הביטחון עת מכירים הם בישיבה כישיבת הסדר".
עוד נטען בתשובת שר הביטחון, כי "צה"ל מכיר בכך שהחברה הישראלית היא חברה פלורליסטית, ועושה מאמצים להכיל את השונות, בתוך גבולות הממלכתיות
שלה הוא מחויב. התנהלותו של הרב מלמד חצתה את גבולות הממלכתיות באופן שחייב את צה"ל ואת שר הביטחון בקבלת החלטה נחושה וברורה, שפירושה עמידה ממלכתית על עקרון קבלת המרות".
בנוסף טוען ברק, כי צה"ל אינו יכול להשלים עם מצב שבו חיילים "אינם רואים עצמם כפופים בצורה ברורה והחלטית למרותו של הצבא ולמרותם של מפקדיהם, ואף אינו יכול להשלים עם הפגנות פוליטיות של לובשי מדים, החותרות תחת היותו של צה"ל 'צבא העם'. מקל וחומר, שאין לעודד קיומו של מצב זה בצורה עקיפה, באמצעות הכרה בישיבתו של הרב מלמד כישיבת הסדר, כאשר כפועל יוצא מהכרה זו זוכה הישיבה לתמיכה תקציבית מהמדינה וזוכים תלמידיה של הישיבה להטבה ייחודית ביחס לחובת השירות הצבאי - מסלול שירות ייחודי בצה"ל ותנאי שירות ייחודיים" .