עובדים המשתכרים לפי הנטו לא יהנו מהשינויים במס
חשבים: לא מומלץ לקבוע שכר על בסיס הנטו. הסיכוי להפסיד בשיטה זו גדול יותר מהסיכוי להרוויח
משפטני חשבים מסבירים, כי מי ששכרו נקבע לפי הנטו אינו יכול ליהנות מהריווח במדרגות המס, והנטו החדש שיקבל יהיה זהה לנטו שקיבל עד כה.
בחברת חשבים מסבירים עוד, כי להסכם על קבלת שכר נטו יש יתרונות וחסרונות. רו"ח עופר פרץ, ראש תחום המיסוי בחשבים, אומר כי ככלל לא מומלץ לקבוע שכר על בסיס הנטו, שכן הסיכוי להפסיד בשיטה זו גדול מהסיכוי להרוויח.
כך, למשל, שינויים במצבו האישי של העובד, המקנים יתרונות מס, כמו נכות, מעבר למגורים ביישוב הנהנה מהקלות מס, שינוי בכמות נקודות הזיכוי ועוד, לא יילקחו בחשבון לטובת עובד ששכרו מבוסס על נטו.
חיסרון נוסף של שיטת הנטו הוא בכך שכשהמס יורד והמעסיק מקטין את סכום הברוטו, כדי שהנטו יישמר, נפגעת זכותו של העובד לתשלום פיצויי פיטורין, הנקבעת לפי הברוטו.
לדעת כלכלני חשבים, הדרך הנכונה לחישוב פיצויי הפיטורין במקרה כזה היא לחלק את החישוב לשתי תקופות: עד למועד שינוי מדרגות המס והפחתת השכר, ולאחריה. כלומר, חישוב פיצויי הפיטורין ייעשה כדלקמן: עד חודש דצמבר 2004, לפי השכר של חודש דצמבר 2004 מוכפל בשנות העבודה, ומינואר, לפי השכר החדש.
ניתן "להמיר" שכר נטו לברוטו וברוטו לנטו בעזרת המחשבונים של ynet.