עצמאית רק מאז 1964

השם "זנזיבר" מעורר תחושת מסתורין: שנהב, סולטנים, עבדים, תבלינים, נווטים ומגלי ארצות. איי זנזיבר תמיד זכו להערכה של האימפריות. המצרים הקדמונים, שבטי הבנטו, הערבים, הפורטוגזים והאנגלים – כולם החזיקו באי בזמן כלשהו, וכולם ראו בו את היהלום שבכתר האימפריה שלהם.
האזכור הראשון של האיים נמצא על קירותיו של מקדש מצרי. התיאור, בכתב חרטומים, מספר על משלחות ששלחו הפרעונים לאורך חופה של אפריקה אל ארץ פונט (Punt) ושבו משם עמוסי חוויות, פירות ובעלי חיים משונים. מאז המאה ה–12 לפני הספירה, כאשר הביקורים ממצרים פסקו, חלפו כאלף שנה עד שהאיים זכו לאיזכורים, כאשר סוחרים פיניקיים החלו להפליג סביב אפריקה, ובמאה השנייה לספירה הגיעו לזנזיבר סוחרים ערבים וחידשו את קשרי המסחר עם האזור.
במשך 500 שנה שלטו בזנזיבר הערבים והפרסים, ביססו את ערי המדינה שלהם והרחיבו את רשת המסחר העצומה שפיתחו באוקיאנוס ההודי. הם החלו לנהל קשרי מסחר עם השבטים שחיו בחופי אפריקה, סחר שכלל בעיקר שנהב ועבדים. סחורות שיצאו מזנזיבר הגיעו עד לסין.
בשנת 1498 יצא ואסקו דה גמה, מגלה הארצות הפורטוגלי הנודע, להפלגה סביב יבשת אפריקה. כאשר הגיע לאוקיאנוס ההודי נדהם מהיקף העושר והציויליזציה שפגש. לא עבר זמן רב עד שהצי הפורטוגלי הגיע לזנזיבר, ובתום הקרבות נפלו האיים לידי פורטוגל.
במשך יותר ממאתיים שנה שלטו הפורטוגלים בזנזיבר, אבל עם הזמן, הם החלו לאבד שליטה על האימפריה הענקית שלהם. הצבא הפורטוגלי היה קטן מכדי להחזיק בכל פינות האמפריה. כך יכלו הערבים להשתלט מחדש, ובקלות יחסית, על החוף המזרחי של אפריקה. בשנת 1698 הם שבו לשלוט גם בזנזיבר.
סביב שנת 1800 עלה לשלטון באיים שליטם הידוע והמשפיע ביותר, בוסייד סולטן סעיד. בתקופתו ידעה זנזיבר פריחה חסרת תקדים. בצעד מלא חזון, הורה סעיד לכל בעלי האדמות באיים לשתול עצי ציפורן – שניים לכל עץ דקל שבבעלותם. כך פיתח את הענף המפורסם והרווחי ביותר של זנזיבר – גידול תבלינים. בשנת 1811, בצעד עם מעט פחות חזון, סעיד פתח בזנזיבר את שוק העבדים הגדול. סחר העבדים שגשג, והטיל צל כבד על ההיסטוריה של האיים.
אחרי מותו של סעיד ירש את מקומו בנו, סולטן ברגהש. שלטונו היה חלש הרבה יותר. הוא סבל מלחץ מתמיד מצד שכניו/יריביו האפריקאים, וכדי לשמור על יציבות בארצו נאלץ בסופו של דבר לפנות לבריטניה בבקשת עזרה. אט-אט, החל מוקד הכוח לעבור מהסולטן אל הנציגים הבריטיים באי, עד להפיכתה של זנזיבר למדינת חסות בריטית. רשמית, נשאר הסולטן בתפקידו כראש המדינה. אבל בפועל היה מעמדו סמלי בלבד.
בשנת 1964 זכתה זנזיבר בעצמאותה מידי הבריטים. הסולטן הוחזר למעמדו כראש-מדינה בפועל, וכמעט כל עמדות ההשפעה נמסרו מחדש לידי משפחות המיעוט הערבי העשיר. לא עבר זמן רב עד שאזרחי זנזיבר התקוממו נגד האוליגרכיה החדשה-ישנה, וכשנה לאחר קבלת העצמאות פרצה באיים מהפכה עקובה מדם. הסולטן הודח, ובמקומו מונה לנשיא שייח' עבייד אמאני קרומה – השליט האפריקאי הראשון בזנזיבר לאחר יותר מ–500 שנה.
20 השנים הבאות היו קשות לזנזיבר. צניחה במחירי התבלינים בעולם, בשילוב עם מדיניות כלכלית לא נבונה, הביאו את כלכלת המדינה לשפל עמוק. במהלך שנות ה–90 נעשו מספר שינויים, וזנזיבר פיתחה מקור הכנסה חדש ורווחי: תיירות.
בשנת 2000 נערכו בחירות, והנשיא-לשעבר אמאני קרומה נבחר שנית לכהונה. הוא מנהיג את זנזיבר כמדינה אוטונומית במסגרת הפדרציה של טנזניה.