בג"ץ דחה היום (יום ה') שלוש עתירות שבהן התבקש להורות על הקמת ועדת חקירה ממלכתית או ועדת בדיקה ממשלתית ב"פרשת כלי השיט". עם זאת הדגישו השופטים שנחשפה לכאורה התנהלות בלתי תקינה ועולות שורה של תמיהות הנוגעות לקבלת ההחלטות בפרשה. לצד זאת הם דחו בקשה להורות ליועץ המשפטי לממשלה אביחי מנדלבליט לפתוח בחקירה פלילית נגד ראש הממשלה לשעבר בנימין נתניהו ב"פרשת המניות".
בפרשת כלי השיט עמד השופט יצחק עמית - בהסכמת השופטים ניל הנדל ונועם סולברג - על שורה של תמיהות שלדבריו לא ניתנה להן תשובה, וציין כי התמונה הלכאורית הנוגעת לתהליכי קבלת ההחלטות בקרב הרשויות הרלוונטיות היא מדאיגה - ולספקות אלה ראוי כי יינתן מענה ציבורי.
בית המשפט הצביע על כך שהמשטרה והיועץ המשפטי הביעו דעתם כי נחשפה התנהלות בלתי תקינה ומדאיגה "שאינה עומדת בסטנדרטים ראויים של רשות ציבורית" וכי נחשפו ליקויים המחייבים הפקת תובנות ולקחים בנוגע להליכי הרכש הביטחוני במדינה. התמונה הלכאורית המצטיירת, לפי בית המשפט, היא שצה"ל ומשרד הביטחון נדחקו הצידה, ואת מקומם תפס המל"ל, שלא נערכה עבודת מטה מסודרת; ושהתקבלו החלטות שמנוגדות לעמדתם של צה"ל ומשרד הביטחון, אשר התנגדו לרכישת צוללות נוספות.
העתירות הבחינו בין שלוש פרשות: פרשת העמלות (הידועה גם כתיק 3000) שבמסגרתה כבר הוגש כתב אישום; פרשת המניות שרכש ומכר חבר הכנסת בנימין נתניהו, מבן דודו, נתן מיליקובסקי, ופרשת כלי השיט הכוללת שש תתי-פרשות והן רכישת הצוללת השישית; רכישת הצוללות השביעית-שמינית-תשיעית; רכישת ספינות המגן; הבקשה לרכישת ספינות הנצ"ל (נגד צוללות); הסכמת ישראל למכירת צוללות למצרים והניסיון למיקור החוץ (או הפרטה) של תחזוקת כלי השיט
בפרשת כלי השיט הפריד בית המשפט בין שאלת הסמכות המשפטית להתערב בסוגית ההחלטה על הקמת ועדת חקירה לבין השאלה אם ראוי להקים ועדת חקירה. בית המשפט עמד על כך שמבחינה משפטית ההחלטה על הקמת ועדת חקירה מסורה לממשלה, והתערבותו בהחלטה זו היא חריגה ונדירה. למעשה, כך צוין, אין תקדים למקרה שבו בית המשפט הורה לממשלה להקים ועדת חקירה - לא בנושאי מלחמה וביטחון; לא בנושאי מינהל תקין וחשד לשחיתות ציבורית; לא בנושאים כלכליים; ולא בנושאים פוליטיים.
בית המשפט הדגיש כי אף שוועדת חקירה יכולה להתאים לבירור ולבחינה של הדברים ולטיהור הספקות, וכי במישור הציבורי בחינת תהליכי קבלת ההחלטות במקרה דנן היא צעד המתיישב עם ביטחון המדינה - בית המשפט אינו יכול לספק פתרון לכל מכאוב ולכל קושיה והדברים ראויים לליבון במישור הציבורי. נושא הקמת ועדת החקירה הממלכתית, כך נקבע - עניין הוא לממשלה לענות בו; לא לבית המשפט.
בכל הנוגע להחלטת היועץ המשפטי לממשלה שלא להורות על פתיחה בחקירה פלילית כנגד נתניהו, בין היתר ב"פרשת המניות", נקבע כי לא מדובר באחד מאותם מקרים חריגים ונדירים המצדיקים להתערב בהחלטת היועץ המשפטי לממשלה שלא לפתוח בחקירה פלילית.
בית המשפט עמד על כך שעסקת מכירת המניות דוּוחה על ידי ראש הממשלה בזמן אמת למשרד מבקר המדינה ולוועדת ההיתרים. עוד ציין בית המשפט שמקובלים עליו נימוקי היועץ המשפטי לממשלה אשר התבססו על ההנחה שנתניהו אכן קיבל טובת הנאה משמעותיות ממיליקובסקי, ואולם לא נמצאה כל אינדיקציה לכך שנתניהו קיבל טובת הנאה בעד פעולה הקשורה בתפקידו, שהיא יסוד נדרש לצורך ביסוס עבירת השוחד, וכן לנוכח הקשיים הראייתיים והפרוצדורליים בניהול חקירה פלילית בעת הזו.
בית המשפט הוסיף ודחה את טענת העותרים לפיה בחינת פרשת המניות על רקע פרשת כלי השיט מבססת את העבירות הפליליות המיוחסות לחבר הכנסת נתניהו. בית המשפט קבע כי בראי ההלכה המושרשת באשר להיקף ההתערבות המצומצם של בית משפט זה בנוגע להחלטות הנוגעות לחקירה – הפער בין התזה וההשערות של העותרים לגבי הקשר בין שתי הפרשות לבין התשתית הראייתית שנאספה בפועל, שומט את הקרקע תחת טענתם כי קמה עילה להתערב בהחלטת היועץ המשפטי לממשלה.
השופט עמית: "להתנהלות הבלתי תקינה שנגלתה לעיני המשטרה והפרקליטות, מצטרפות שורה של תמיהות שלא מצאתי להן תשובה בחומר שלפני, ואעמוד אך על חלק מהן: מי הגורם שניסח את טיוטת מזכר ההבנות עם גרמניה ואשר הועבר על ידי המל"ל? ומדוע נשלח המסמך לאלוף עמוס גלעד? מי הוא זה ואיזה הוא שהכניס לטיוטת מזכר ההבנות דרישה לספינות נצ"ל, על העלות הכבדה הכרוכה בכך, ומדוע? ואם היה צורך בספינות נצ"ל, הכיצד הוסרה דרישה זו חיש מהר ממסמך ההבנות לנוכח התנגדות צה"ל ומערכת הביטחון? מדוע הופעלו לכאורה וכנטען לחצים כה כבדים לביטול המכרז הבינלאומי לספינות המגן על כל הכרוך בכך, עוד לפני שטיסנקרופ התחייבה להוזיל משמעותית את מחירן ועוד לפני שטיסנקרופ הבהירה מה הדגם המוצע והמפרט הטכני של הספינות?
"מדוע הסתיר ראש הממשלה, על פי הנטען, משר הביטחון, הרמטכ"ל, מפקד חיל הים, אגף המודיעין וראש המוסד את העובדה שגרמניה קיבלה את הסכמתו למכור צוללות למצרים? את מי עדכן ראש הממשלה, אם בכלל, בנוגע להסכמה שנתן למכירת הצוללות למצרים, ומי היה שותף להחלטה זו? אדגיש כי האמור לעיל הוא תמונה לכאורית שעולה מתוך החומר שבפני בית המשפט. ייתכן שלכל התמיהות דלעיל יש תשובות טובות ואפילו מצוינות, אך לא למותר לציין כי ראש הממשלה נמנע בתגובתו מלהשיב על תמיהות שהועלו בעתירות ובתצהירים, ובחר להפנות לדברים ולהסברים שניתנו על ידי האלוף עמידרור לחלק מהנושאים".
"בזהירות המתבקשת, ניתן לומר כי התמונה הלכאורית העולה מהחומר שלפנינו תומכת במסקנה זו וכי נותרו סימני שאלה המרחפים ממעל, שיש בהם כדי להטיל צל על תקינות תהליכי קבלת ההחלטות בתחום רכש כלי השיט. בנסיבות אלו, דומה כי עריכת בחינה ביקורתית עצמאית באשר להליכי קבלת ההחלטות בנושא המדובר, היא צעד רצוי המתיישב עם אינטרס השמירה על ביטחון המדינה", כתב השופט עמית.
שר הביטחון, בני גנץ, אמר בתגובה כי ימשיך לקדם הקמת ועדת חקירה ממלכתית לפרשת הצוללות. "הביקורת של בג"ץ על הליקויים בתהליך רכש הצוללות וכלי השיט, והמצב שבו צה"ל ומערכת הביטחון נדחקו הצידה בתהליכי קבלת ההחלטות, מחייבים בדיקה מעמיקה של הנושא. אמשיך להוביל, יחד עם שותפיי לממשלה, את הקמת ועדת החקירה הממלכתית בהקדם", מסר גנץ.
מהתנועה לאיכות השלטון נמסר בתגובה על פסק הדין: "בית המשפט עומד על שרשרת הכשלים המחייבים בחינה ציבורית בכל הליך רכש כלי השיט, לרבות הליך קבלת החלטות עקום שהזיז הצידה את גורמי הרכש בצה"ל ובמשרד הביטחון, וקידם על פניהם את המל"ל. בכך, מחזק בית המשפט את עמדת היועמ"ש והמשטרה לפיה הנושאים מחייבים בחינה ציבורית רחבת היקף. העתירה אמנם נדחתה אך בית המשפט מתח ביקורת חריפה על הליכי קבלת ההחלטות וקבע באופן מפורש כי הדיון הציבורי בנושא לא נשלם".
