המוסד התנגד לביצוע פעולה קרקעית לחיסול בכירי חמאס בדוחא, על אף שהכין בשבועות האחרונים תוכנית סדורה לעשות זאת. כך דיווח ה"וושינגטון פוסט" מפי שני גורמים בישראל המעורים בפרטים, ששוחחו עם העיתון בעילום שם. לדבריהם, ראש המוסד דדי ברנע התנגד לתמוך בפעולה משום שחשש שהיא תפגע ביחסים שארגון הביון בנה עם הקטארים. לפי הדיווח, ההתנגדות של המוסד לבצע את הפעולה תרמה לקבלת ההחלטה שקיבל לבסוף ראש הממשלה בנימין נתניהו - לתקוף את בכירי ארגון הטרור מהאוויר.