נשיא המדינה יצחק הרצוג נימק את החלטתו לבטל את הרישום הפלילי של אלאור אזריה, בניגוד לעמדת הרמטכ"ל. בית הנשיא מסר: "בבסיס החלטת הנשיא עומדים ברוח תקופת הרחמים והסליחות בעם ישראל פרק הזמן המשמעותי שחלף מאז הפרשה; העובדה שנשא בעונש שנגזר עליו; תקופת ההתיישנות על העבירות שביצע חלפה זה מכבר; נסיבותיו האישיות והמשפחתיות שהשתנו במהלך השנים; רצונו להסיר את החסמים הניצבים בפניו כיום בתחומי התעסוקה ולפתוח דף חדש בחייו".