בצל ההשתלטות של חיל הים על עשרות הסירות שהשתתפו במשט לעזה במים הבינלאומיים סמוך לכרתים, ואחרי שיותר מ-170 הפעילים שנעצרו שוחררו ביוון, כמה מהמשתתפים טענו בריאיונות לתקשורת האיטלקית כי הופעלה נגדם "אלימות קשה ועינויים" מצד חיילי צה"ל.
עיתון ה"קוריירה דלה סרה" פרסם אמש באתר האינטרנט שלו צילומים של שניים מפעילי המשט, שמראים סימנים לכאורה של אלימות על פניהם - עדויות לטענתם לכך שחיילי צה"ל "הכו אותם חזק מאוד". הטענות הגיעו בעקבות נוכחותו של כתב איטלקי מהעיתון "איל פאטו קווטידיאנו" במשט, שהיה הראשון לפרסם את הטענות לאלימות.
לפי הפרסום ב"קוריירה", שמצטט תגובה לא-רשמית מצד גורמים ישראלים, חלק מהפעילים ניסו להתנגד בכוח למעצר של שני הפעילים המובילים של המשט, סייף אבו קשק הפלסטיני-ספרדי וטיאגו אבילה הברזילאי, שבניגוד ליתר המשתתפים, יובאו לחקירה בישראל. לפי הפרסום, עם מעצרם, החלו חלק מהפעילים להתנגד ולכן ככל הנראה הופעלה נגדם אלימות.
בהודעה מטעם מארגני המשט נטען כי "משתתפי הגלובל סומוד פלוטילה שרדו הרגע 40 שעות של אכזריות מתוכננת על סיפון אחת מספינות חיל הים הישראלי במים הטריטוריאליים של יוון. נמנעה מהפעילים גישה סבירה למים ומזון. הם נאלצו לישון על הרצפה על הסיפון וזו כל הזמן הוצפה במים באופן מכוון. כשהחיילים החלו בפעולות המעצר של אבו קשק ואבילה, הצוות שלנו התנגד באופן פציפיסטי ובתגובה הופעלה נגדם אלימות טהורה. הפעילים הוכו באגרופים ובעיטות, ונגררו על הקרקע לאורך הסיפון כשידיהם קשורות מאחור גבם. לחלק מהפעילים נשבר האף, לאחרים הצלעות ופצעים מדממים אחרים".
מארגני המשט הגישו תלונה ברומא בעקבות מה שהם מגדירים כ"חטיפתם" של שני הפעילים המרכזיים ולקיחתם לישראל לחקירה. המארגנים טוענים כי קיים כעת "חשש כבד לשלומם של השניים וכי הם עלולים להיות מעונים באופן קשה על-ידי הרשויות בישראל". השתלטות חיל הים על המשט במרחק עצום מחופי ישראל עורר זעם רב בקרב מדינות אירופה, שעשרות מאזרחיהם נמצאו על סיפון עשרות הסירות שהיו בדרכם לעזה כדי לשבור את המצור, והתגובות היו ביקורתיות מאוד, בעיקר מצד איטליה ומספרד.
