בחירתו של ראש הממשלה בנימין נתניהו בעו"ד רואי כחלון כממלא-מקום נציב שירות המדינה עוררה עניין ציבורי נרחב, ובפרט מאז שנכנסה לתוקף ב-5 בחודש - חרף התנגדותה של היועצת המשפטית לממשלה, גלי בהרב-מיארה. היועמ"שית פסלה את מועמדותו של כחלון בקביעה כי "ניסיונו המקצועי אינו מאפשר לראות בו כמועמד מתאים לתפקיד", וכן טענה למצג שווא בנוגע לקורות החיים שהגיש. במקביל, כחלון זכה לשבחים מצד בכירים בשירות המדינה שמכירים היטב את פועלו, אך מאז שנכנס לתפקיד הוא נתקל במכשולים שמקורם, בין היתר, בהחלטות ובהנחיות של היועמ"שית ומשרד המשפטים.
שופטי בג"ץ שדנו בעתירה נגד מינויו של כחלון בחרו שלא לעסוק בטענותיה של בהרב-מיארה על העדר הכשירות הניהולית שלו, אך הציעו לנתניהו למנות את כחלון לתקופה של שלושה חודשים בלבד, עד להכרעה בעניינו. ראש הממשלה השיב אז כי ממילא לא הייתה לו כוונה להאריך את מילוי המקום מעבר לנחוץ, וקיבל את הצעת הפשרה תוך שציין כי "ממשלת ישראל פועלת בקדחתנות להביא למינוי קבוע זה חצי שנה".
במקביל, חרף קבלת הפשרה, נראה שבייעוץ המשפטי פעלו לצמצם את סמכויותיו של כחלון ולפגוע בפועל ביכולתו למלא את תפקידו. בין היתר, היועמ"שית הנחתה את ראש אגף המשמעת בנציבות, עו"ד גיא דוד, שלא לשתף את כחלון במידע הקשור לתחום המשמעת בשירות המדינה. מדובר בהנחיה חריגה מאוד שמנוגדת להיררכיה המוסדית, שכן אגף המשמעת כפוף ישירות לנציב. כתוצאה מכך, נושאים חיוניים הקשורים להשעיית עובדים החשודים בעבירות חמורות, כגון הטרדה מינית או שחיתות, ייוותרו ללא מענה.
בנוסף, היועצת המשפטית של הנציבות, עו"ד עידית ביטמן, הנחתה את מנהלי האגפים להימנע מקבלת החלטות "בעלות השלכות ארוכות טווח". בהודעה שנשלחה בקבוצת הוואטסאפ של מנהלי הנציבות, ונחשפת כאן לראשונה, נכללו הנחיות ברורות: "תיאמתי עם משרד המשפטים את מתכונת העבודה שלנו בעת הזאת. בהתאם לסיכום, החלטות החורגות מהשגרה, או שיש בהן כדי ליצור שינויים ארוכי טווח, רחבי השפעה והשלכות נוספות, לא יתקבלו בעת הזאת. כמובן שלא תהיה חזרה מהחלטות שכבר התקבלו קודם לכניסתו לתפקיד".
הודעה זו יצרה בפועל קיפאון מערכתי והרתעה של מנהלים בכירים, שנמנעו מלקבל החלטות מחשש שייתקלו בביקורת משפטית. במקביל, בהתאם לחוק, מ"מ נציב שירות המדינה מחזיק בכלל הסמכויות הנוגעות לתפקיד, כך שלא ברור על איזה בסיס משפטי, אם בכלל, הסתמכו היועצים המשפטיים בשליחת ההודעה.
בהנחיית יועמ"שית הנציבות נמחקו גם הרשאות הגישה של כחלון למיילים היסטוריים של הלשכה. "אין שום סיבה לגיטימית למהלך כזה, והוא לא בוצע מעולם לממלאי המקום הקודמים", אמר גורם בכיר באגף התקשוב בנציבות. צעד זה עורר שאלות קשות על השקיפות בנציבות, והגביר את התחושה שמנסים להקשות על כחלון בכוונה. גורם בכיר במערכת אכיפת החוק ציין כי "כחלון הוא בעל רקע חקירתי ומשפטי עשיר", והציע ש"אולי מישהו שם רוצה להסתיר משהו או למנוע ממנו לגלות פעולות לא תקינות שבוצעו בעבר".
במהלך הדיון בבג״ץ בעתירה נגד מינויו של כחלון חשפה נציגת היועמ"שית כי נפתחה נגדו חקירת משמעת. גורמים משפטיים טענו כי תזמון ההודעה נועד לנסות להפעיל לחץ על בית המשפט - שלא צלח. בינתיים, גורמים בכירים במשרד המשפטים ובנציבות שאישרו בעבר את ניסיונו הניהולי של כחלון, מצאו את עצמם לפתע תחת חקירה משמעתית על אותם אישורים שסיפקו לפני שנים במסגרת עבודתם. "זה מרגיש כמו ניסיון להרתיע אותנו", סיפר אחד מהם. "נראה כאילו מנסים לגרום לנו לומר דברים לא נכונים בחקירה. כלל האישורים המקצועיים שסופקו בעבר לכחלון ניתנו בצורה תקינה".
בנוסף, גורמים בכירים בנציבות שירות המדינה פועלים מאחורי הקלעים לבטל טופס אישור שכחלון קיבל לפני 5 שנים, שבו אישרה הנציבות את ניסיונו הניהולי הבכיר, ואת העובדה שניהל עשרות עובדים. זאת ברקע הביקורת כי בעוד שכחלון טען כי ניהל צוות של 50 עובדים, מבקריו טענו שבפועל ניהל באופן ישיר כמות מועטה משמעותית, ובייעוץ המשפטי בכל מקרה לא התרשמו מפרט זה, שכן נציב שירות המדינה אחראי על כ-80 אלף עובדים, בנוסף לעיסוקו בתחומים רגישים מאוד של ניהול כוח אדם - בין היתר במינוי בכירים.
ניסיון לבטל את הטופס האמור, שהציג כחלון ולפיו הנציבות מאשרת כי יש לו ניסיון ניהול בכיר, עשוי לפגוע בתשתית שמבססת את מינויו. גורמים שמעורים בנושא טוענים כי מדובר בניסיון של "לוחמת גרילה משפטית", שמטרתו "לבטל ולשנות את חוקי המשחק". הגורמים הנחו לבטל את השימוש בטופס האמור לכלל עובדי המדינה גם רטרואקטיבית, ומשנודע הדבר לכחלון, הוא הוציא מייל נזעם להנהלת הנציבות שבו הורה לחדול מכל עיסוק בנושא עד שתתבצע עבודה מטה שתאושר על ידו.
מנכ"ל משרד ממשלתי ציין כי הגבלות על סמכותו של כחלון כממלא מקום הנציב ייפגעו במערכת הציבורית כולה: "כשהנציב לא יכול לקבל מידע ולאשר השעיות – המערכת כולה נפגעת. תחשבו על מורה שחשוד בהטרדה מינית ולא מושעה מתפקידו בגלל החלטה מופרכת לא לאפשר לכחלון לקבל מידע בנושא - כשהוא הגורם היחיד בשירות המדינה שמוסמך להשעות עובדי מדינה. המשמעות היא שהציבור כולו משלם את המחיר. עובדים שממשיכים בתפקידם למרות חשדות חמורים, מכרסמים באמון הציבור בשירות המדינה. לזה הייעוץ המשפטי לממשלה מפלל?".
