קשיים משמעותיים בהליך מינויו של האלוף רומן גופמן, שמשמש כמזכירו הצבאי של רה"מ בנימין נתניהו, לתפקיד ראש המוסד. גורמים שמעורים בנושא אמרו כי הוועדה המייעצת למינויים בכירים בראשות נשיא ביהמ"ש העליון לשעבר אשר גרוניס לא מצליחה להסכים על מינויו. המינוי תקוע בוועדה כבר יותר משבועיים, וחרף לחצים מצידו של נתניהו אין אישור של המינוי בשל בעיות סביב טוהר המידות, שנוגעות לפרשת הפעלתו של הנער אורי אלמקייס ע"י גופמן. גורם שמעורה בנושא אמר: "מתקשה לראות כיצד גופמן ימונה לתפקיד ראש המוסד. הוא לא יכול להיות ראש המוסד, משום שבג"ץ לא יאשר את המינוי הזה".