משרד הבריאות הנחה את כלל בתי החולים על עלייה לרמת הכוננות הגבוהה ביותר, מעבר לאזורים ממוגנים וירידה למתחמי תת-קרקע ממוגנים בהתאם להנחיות המקדימות שניתנו מראש. בתי חולים לא יקיימו פעילות אמבולטורית ופעילות לא דחופה (אלקטיבית). לא תתקיים פעילות במרפאות קופות החולים ובטיפות חלב למעט פעילות חיונית, כגון דיאליזה. משרד הבריאות הנחה את בתי החולים לשחרר חולים שאינם זקוקים לאשפוז. החולים ישוחררו לביתם או למוסדות לאשפוז המשכי.