שר האנרגיה אלי כהן נחקר באזהרה הבוקר (יום רביעי) בפרשת הדרכונים. במרכז הפרשה עומד החשד להנפקת דרכונים דיפלומטיים למי שלא היו זכאים להם, מכיוון שלא עמדו בתבחינים לקבלת דרכון דיפלומטי.
כהן, שר החוץ לשעבר, כתב בפוסט ברשת X כי "נתבקשתי היום לתת את גרסתי במשטרה בסוגיית הדרכונים. חקירה זו לא הייתה אמורה כלל להיפתח, אבל כאזרח שומר חוק, מרגע שנפתחה חקירה אענה על כל השאלות באופן מלא". השר טען כי "בתקופתי כשר חוץ הונפקו על-ידי מנכ״ל המשרד בהתאם לסמכותו ארבעה דרכונים בלבד!".
בנו של ראש הממשלה, יאיר נתניהו, שההחלטה להנפיק עבורו דרכון דיפלומטי נבדקת במסגרת החקירה, זומן בחודש יוני לעדות פתוחה במשרדי להב 433. כהן כתב היום כי "ליאיר נתניהו, אישיות מאובטחת, חודש הדרכון מטעמי אבטחה כמה פעמים על-ידי כמה מנכ״לים החל משנת 2009!. דרכונים הונפקו גם לשלושה ראשי ערים שפנו באופן רשמי על פי נהלי המשרד בעקבות פעילות בינלאומית במסגרת תפקידם".
כהן טען כי "גם בעבר ניתנו לראשי ערים דרכונים על בסיס אותם נימוקים. גם בדיעבד החלטת המנכ״ל, מתוקף סמכותו, בארבעת המקרים בהחלט מוצדקת, ובוודאי שלא נעברה עבירה פלילית או מנהלית. בכל תפקידיי בממשלה, בצה"ל ובאקדמיה - החוק היה ויהיה נר לרגלי".
כאמור, הפרשה עוסקת בהנפקת דרכונים דיפלומטיים לגורמים שלא עמדו בתבחינים לקבלת דרכון שכזה, ובמסגרת החקירה, המשטרה בוחנת את כל הוצאות הדרכונים הדיפלומטיים בימיו של כהן במשרד החוץ, כולל לבנו של ראש הממשלה. חוקרי היחידה הארצית לחקירות הונאה (יאח"ה) בלהב 433 הגיעו באוגוסט בשנה שעברה למטה משרד החוץ בירושלים, ערכו חיפוש במשרדים ותפסו חומרים.
עובדים במשרד החוץ אמרו אז: "יש כאן הלם מוחלט. היו הרבה דברים מסריחים בטיפול בדרכונים, טוב מאוד שסוף סוף המשטרה נכנס לתמונה". הם טענו כי הייתה התערבות מצד הפוליטיקאים, ולחצים לספק דרכונים לאנשים שלא עומדים בתבחינים" "הדרג המקצועי התנגד, אבל שמו עליו פס". עובד ותיק שהייתה לו נגיעה לנושא הקונסולרי אמר אז: "הגיע הזמן שיפסיקו לעשות שטיקים. הכול פוליטי תמיד".
