בג"ץ דחה ברוב דעות את שתי העתירות נגד מינויו של רומן גופמן לתפקיד ראש המוסד. השופט עופר גרוסקופף סבר כי "התנהלותו של גופמן בקשר לפרשת אלמקייס אינה כזו המטילה בו דופי ערכי, בוודאי לא כזה העשוי לפסול אותו מלשמש כראש המוסד. הטענות כי הפעיל במודע קטין לא בוססו בראיות שהוצגו לפני הוועדה. הטענה כי "הפקיר" במסגרת פרשת אלמקייס גורמים שפעלו בשליחותו היא טענה שגויה". מנגד, השופטת דפנה ברק-ארז, שהייתה בדעת מיעוט סברה כי יש "להמשיך בתהליך הבדיקה של שאלות שנותרו פתוחות ולצורך כך להוציא צו על-תנאי וצו ביניים, מבלי לקבוע דבר לחובתו של גופמן".