קיים חשש כי יכולתם של בתי חולים להעניק שירותים רפואיים לכלל האוכלוסייה בעת מלחמה כוללת וממושכת תהיה מוגבלת, בעקבות פערי המיגון במוסדות רפואיים ברחבי הארץ. כך עולה בדוח מבקר המדינה מתניהו אנגלמן. עוד צוין כי בין המתחמים שאינם מוגנים, ב-27 בתי חולים נמצאו 56% ממיטות האשפוז הכלליות (10,493 מתוך 18,637), 41% מחדרי הניתוח (168 מתוך 406) ו-43% ממיטות הטיפול הנמרץ (491 מתוך 1,147). לפי הדוח, בבתי החולים הגריאטריים, הפסיכיאטריים והשיקומיים נמצא מיגון חלקי במיוחד.