המפכ"ל רב-ניצב דני לוי הנחה להקים חפ"ק יחד עם גופי ביטחון נוספים בעקבות החשד לחטיפת המטוס ואמר כי בהערכת מצב כי "נערכים לכל תרחיש". כל גופי מערכת הביטחון - צה"ל, שב"כ, המוסד, המשטרה ומל"ל - מעורבים ומקיימים הערכות מצב.