הממשלה השיבה לבג"ץ בעניין העתירות שקוראות להקים ועדת חקירה ממלכתית לטבח 7 באוקטובר, וטענה כי "עם כל הכבוד, לבית משפט הנכבד אין כל סמכות להורות על הקמת ועדת חקירה ממלכתית". לפי הממשלה, "אין כל בסיס משפטי להפיכת הצו על תנאי למוחלט, ועל בית המשפט לדחות את העתירות. הפיכת הצו למוחלט תפרק את עקרון הפרדת הרשויות". בהודעה, ועדת החקירה הפוליטית שמקדמת הממשלה כונתה "ועדת חקירה ממלכתית–לאומית", ונכתב: "לאקט קיצוני שכזה - של הקמת ועדת חקירה ממלכתית בהחלטה שיפוטית - אין תקדים".