כשלושה שבועות לאחר שדחפורים התקדמו אל גבעת התחמושת והחלו בפירוק מטה אונר"א בירושלים, שיגר היום (חמישי) מזכ"ל האו"ם אנטוניו גוטרש מכתב חריף לראש הממשלה בנימין נתניהו נגד ההחלטה להרוס את המתחם. "הרשויות הישראליות השתלטו על המתחם ללא אישור האו"ם ובניגוד למשפט הבינלאומי", כתב גוטרש - ואיים: "אם ישראל לא תעמוד בהתחייבויותיה, עלול להתעורר סכסוך משפטי שיובא בפני בית הדין הבינלאומי לצדק בהאג".
גוטרש התעלם במכתבו מהחשדות הקשים נגד פעילי אונר"א שהשתתפו במעשי הטבח ב-7 באוקטובר, והועברו לאו"ם, בהם גם פרטיו של הפעיל שתועד חוטף את גופתו של יונתן סמרנו שנרצח בכניסה לקיבוץ בארי. גוטרש טען במכתב כי הכוחות הישראליים נכנסו למתחם עם ציוד כבד והרסו את רוב המבנים בו, לרבות משרדים, מחסנים, סדנאות וסככות אחסון. לדבריו, הבניין הראשי לא נהרס אף נפרץ, ובהמשך היה נתון לביזה. ב-25 בינואר, כך טען, המבנה ניזוק בשריפה.
הוא העלה טענות גם בדבר איומים שהופנו לכאורה כלפי אנשי אונר"א במתחם, וכתב כי בין הנוכחים במקום היה סגן ראש העיר ירושלים. "המתחם בשייח ג'ארח משמש כמתחם של האו"ם מאז 1952, ומהווה מרכז לוגיסטי מרכזי לפעילות אונר"א בשטחים הפלסטיניים", כתב. "לישראל חובה ברורה לפי המשפט הבינלאומי להגן על נכסי האו"ם ולהבטיח את ביטחון העובדים".
גוטרש כתב עוד כי ב-12 וב-13 בינואר, עוד לפני הגעת הדחפורים, נכנסו גורמים מהרשויות הישראליות למרכז הבריאות של אונר"א בירושלים והורו על סגירתו הזמנית עד 10 בפברואר. הוא הוסיף כי גם מתקני אונר"א במזרח ירושלים קיבלו הודעות על הפסקת פעילות וניתוק תשתיות מים וחשמל באופן שלא יאפשר את המשך פעילותם. כך למשל, הוא ציין את מרכז ההדרכה קלנדיה של אונר"א, שלדבריו נותר מחשמל ב-28 בינואר, ולפיכך הופסקה הכשרתם של יותר מ-300 מתלמדים פלסטינים במקצועות טכניים.
לדבריו, המסגרת המשפטית החלה על אונר"א נותרה בעינה למרות שינוי החוק בישראל, שמחויבת לטענתו להעניק לארגון ולעובדיו זכויות יתר וחסינויות בהתאם למגילת האו"ם ולאמנה בדבר זכויות יתר וחסינויות של האו"ם מ-1946. הוא ציין כי המכתב הועבר גם לנשיא העצרת הכללית ונשיא מועצת הביטחון, וקרא לממשלת ישראל "לנהל הידברות כדי לתקן את המצב".
ב-28 באוקטובר 2024, נזכיר, אישרה מליאת הכנסת בקריאה שנייה ושלישית את החוק להפסקת הפעילות של אונר"א בישראל, שחלק מפעיליה חשודים כאמור בהשתתפות במעשי הטבח ב-7 באוקטובר. 92 חברי כנסת תמכו בהצעה, מול 10 שהתנגדו.
לפי הצעת החוק של חברי הכנסת בועז ביסמוט, שרן השכל, אלי דלל ואחרים, אונר"א לא תפעיל כל נציגות, לא תספק כל שירות ולא תקיים כל פעילות, במישרין או בעקיפין, בשטח הריבוני של מדינת ישראל. כך למעשה הפעילות של הארגון במזרח ירושלים תופסק, וסמכויותיו יעברו לאחריותה ולשליטתה של ישראל.
