הרכב השופטים שדן בעתירות בעד ונגד דרך מינוי ראש השב"כ הבא, חלוק בדעתו בנוגע לעמדתה של היועמ"שית גלי בהרב-מיארה. השופט אלכס שטיין אמר כי "מותר לראש הממשלה לחלוק על חוות הדעת של היועמ"שית, על פי דוח ועדת שמגר". הנשיא יצחק עמית חלק על כך, והוסיף: "אני לא מסכים. אם כל שר יקבע דין לעצמו אנחנו נתכנס כאן לדיון כל יום". השופטת גילה כנפי שטייניץ הצטרפה לעמדת השופט שטיין, ואמרה כי "יש ארגז כלים להתמודד עם סוגיית ניגוד העניינים". לדבריה, "שלילת הסמכות המוקנית לראש הממשלה בחוק אמורה להיות המוצא האחרון".