נציב שב"ס קובי יעקובי פנה ליועמ"שית גלי-בהרב מיארה בטענה שבידיו ראיות לקיום קשר אסור בין העד המרכזי בפרשת מקורבי בן גביר, לבין חוקרת מרכזית במח"ש, שחקרה את יעקובי בתיק - וחקרה גם עדים נוספים. הוא ציין כי הטענות הללו הופיעו גם בשימוע שנערך לו לפני ההחלטה להגיש כתב אישום, וגם נשלחו במכתב נוסף - אך דבר לא נעשה בנושא. יעקובי דרש מהיועמ"שית לפתוח בחקירה נגד השניים. העד המרכזי הכחיש את הטענות של יעקובי, ואמר: ״לא היה ולא נברא. מתעקש שהיועמ"שית תפתח בחקירה. אני מוכן לכל בדיקה של מחקרי תקשורת ופוליגרף כדי להוכיח שמדובר בעלילת שווא״.
בהרב-מיארה החליטה כי יעקובי יואשם בפרשה. לפי החשד, הוא העביר למפקד היחידה המרכזית (ימ"ר) של מחוז ש"י לשעבר, ניצב-משנה אבישי מועלם, מידע הנוגע לחקירה סמויה בעניינו, שעסקה בכך שפעל לכאורה למנוע מעצר של חשודים בטרור יהודי ביהודה ושומרון בתמורה לקידומו במשטרה.
עוד בטרם הדיווח על הכוונה להגיש כתב אישום שיגר סנגורו של יעקובי, עו"ד אורי קורב, מכתב בהול לפרקליטות שבו ביקש לעכב את ההחלטה ולבדוק טענות חדשות שהתגלו. "הבאנו מידע אשר אינו מאפשר קבלת החלטה בטרם בדיקתו", כתב.
בחומרים שהופיעו בפנייה של קורב צוין כי במהלך החקירה לא זומנו במח"ש עדים שאליהם הפנה יעקובי, ולדבריו תומכים בגרסתו - שלפיה לא ידע על קיומה של חקירה נגד מועלם, אלא היה מודע רק ל"עניינים של בינו לבינה" שעשויים היו למנוע את קידומו, במסגרת בדיקת יחב"מ (יחידה לביטחון מידע).
עדה נוספת בפרשה היא קצינה בכירה בלהב 433, שבעת הרלוונטית לפרשה שירתה במזכירות הביטחונית במשרד לביטחון לאומי. לפי חומר החקירה, יעקובי אמר למועלם כי ידבר עם אותה קצינה בנוגע לקידומו - אך בפועל לא פנה אליה. במח"ש זימנו אותה לאמת את הדברים, וגרסתה תמכה בגרסתו של יעקובי.
במהלך עדותה הטיח בה החוקר כי מדובר בתיק מורכב והדגיש את חובתה לומר אמת, תוך שהוא מציין כי תשובותיה "נתפסות כמתחמקות וציניות, וכי קיימת אינדיקציה שהעבירה מידע שלא הייתה אמורה להעביר". הוא ביקש ממנה להשיב בצורה מדויקת יותר, ושאל אם מסרה ליעקובי מידע פנימי שלא הייתה אמורה לחשוף.
השר לביטחון לאומי איתמר בן גביר התייצב לצידו של יעקובי לאחר ההחלטה של בהרב-מיארה להגיש נגדו כתב אישום. בן גביר מסר אז: "היועצת העבריינית, המודחת והאנטי-דמוקרטית, שפועלת שוב ושוב נגד כל מה שטוב למדינת ישראל, בחרה להגיש כתב אישום נגד נציב שב"ס - בניסיון לתפור לו תיק. מדובר בנציב הטוב ביותר שהיה בתולדות המדינה".
