לשכת רה"מ מסרה כי ראש הממשלה בנימין נתניהו "מצטער על כך שדבריו בעניין קיבוץ עין השלושה לא הובנו כהלכה". אחרי הביקורת שספג נתניהו, טענה הלשכה כי "ראש הממשלה התכוון לומר שאי-קבלת הדירקטיבה מהמערכת הביטחונית לא לפעול, היא זו שהובילה את אנשי הקיבוץ לפעול. לא הייתה כוונה לומר שלא נרצחו כלל תושבים".