תחקיר צה"ל על הרג הפרמדיקים ברפיח העלה כי בסיום הירי הוחלט לרכז את הגופות ולכסות אותן, במטרה למנוע פגיעה בהן ולפנות את כלי הרכב מהציר. המפקדים בשטח פינו את הגופות, והחליטו למחוץ את הרכבים. התחקור הסיק כי ההחלטה על פינוי הגופות הייתה "סבירה ביחס לנסיבות", בעוד ההחלטה למחוץ את הרכבים הייתה שגויה. ככלל, עולה כי לא היה ניסיון להסתיר את האירוע. בתחקור נקבע כי הירי בשני האירועים הראשונים בוצע בשל הבנה מבצעית שגויה של הכוח. באירוע השלישי הירי בוצע בניגוד לפקודות. עוד נכתב כי התחקיר מעלה שבאירוע התגלו טעויות מקצועיות וחריגות מהפקודות, לצד כשל באי-דיווח מלא.