אלוף במילואים ניצן אלון, העומד בראש מינהלת החטופים, זומן לתת עדות פתוחה בפרשת "קטאר-גייט", חודשיים לאחר שאלוף במיל' יואב (פולי) מרדכי הנכלל בצוותו נחקר באזהרה בחשד לשוחד. עדותו של אלון תעסוק בתפקיד במינהלת החטופים של פולי מרדכי ושל הבכיר לשעבר במוסד. היא תתמקד בשאלה אם השניים הצהירו על קשריהם העסקיים עם קטאר ובאיזו מידה פירטו מה מהות הקשרים ומה הם כוללים.
לאחר חקירה נוספת בפרשה, המשטרה החליטה לאסור על האלוף במיל' יואב (פולי) מרדכי לעסוק במגעים לעסקת חטופים למשך שבועיים. ההחלטה התקבלה לפני כשבועיים, על רקע ההתפתחויות האחרונות בחקירה. האלוף במיל', שמשמש בתפקיד בכיר במנהלת החטופים של אלוף (במיל') אלון, חשוד בפרשה בעבירות של שוחד ומגע עם סוכן זר.
באופן חריג, אחרי הפרסום על עצם חקירתו של מרדכי, בצה"ל הגיבו - אך מבלי להתייחס לחקירה שמתנהלת מחוץ לצבא, ומסרו אז כי "האלוף מרדכי כפוף למפקדת החטופים ורתום באופן מלא למפקדת החטופים, הוא אינו מנהל מו"מ ישיר עם המתווכות, אך תרומתו משמעותית ביותר ולעיתים אף קריטית למאמץ. לכל אורך הדרך עמדותיו המקצועיות היו אמיצות ונטולות פניות ותרמו רבות לעשייה".
מרדכי הגיב אז על האיסור שהוטל עליו לעסוק בעסקת החטופים, ומסר באמצעות סנגורו, עו"ד גדי זילברשלג: "לאורך כל פעילותי, תמיד הקפדתי קלה כבחמורה בהוראות החוק, וסייעתי למדינת ישראל בכל אימת שנדרש לכך. גם כאן, הגם שהכול נעשה באופן גלוי, שקוף ומדווח כדין, אעשה כל שנדרש בכדי לסייע לרשויות החוק להגיע לחקר האמת, ולפעול בהתאם להנחיותיהן, ולו בשל העובדה שהגעה לחקר האמת תוכיח שלא דבק רבב ולא נפל כל פגם בהתנהלותי".
