לקראת כניסת החוק נגד אונר"א לתוקף, שגריר ישראל באו"ם דני דנון הודיע אמש (שישי) למזכ"ל האו"ם אנטוניו גוטרש כי על סוכנות הסעד לפליטים פלסטינים להפסיק את פעילותה בירושלים עד ליום חמישי הקרוב, 30 בינואר, כפי שנקבע בחוק - ולפנות את כל הבניינים שמהם היא פועלת.
הצעת החוק, שעברה ברוב עצום של 92 חברי כנסת מול 10 מתנגדים, עלתה לאחר שנחשד כי חלק מפעילי אונר"א בעזה השתתפו במעשי הטבח ב-7 באוקטובר. בהתאם לחוק שאושר, אונר"א לא תפעיל כל נציגות, לא תספק כל שירות ולא תקיים כל פעילות, במישרין או בעקיפין, בשטח הריבוני של מדינת ישראל. כך למעשה תופסק הפעילות של אונר"א במזרח ירושלים, והסמכויות יעברו לאחריות ושליטת ישראל.
"חמאס וארגוני טרור אחרים חדרו לאונר"א כבר מזמן", מסר דנון. "הסירוב העיקש והעקרוני של המזכ"ל להכחיש ולהתעלם באופן בוטה מההוכחות שסיפקה ישראל לחוסר ניטרליות וטרור בארגון, הכריחו את ישראל לנהוג באחריות כלפי אזרחיה, להגיב ולהפסיק את שיתוף הפעולה עם הארגון".
"התפתחויות אלו הן מענה ישיר לסיכונים הביטחוניים החמורים הנובעים מחדירה של חמאס וארגוני טרור אחרים לאונר"א, וסירובה של הסוכנות להתייחס לחששות החמורים והחומריים שהעלתה ישראל ולתקן את המצב", הדגיש דני דנון במכתבו. הוא סבור כי אונר"א "התפשרה באופן בלתי הפיך על חובתה הבסיסית של חוסר משוא פנים וניטרליות".
דנון לא התייחס במכתבו לחוק נוסף שעבר בכנסת, ולפיו ייאסר על גורמים ישראלים לעבוד עם אונר"א ועובדיה החל מאותו תאריך, 30 בינואר - מה שעלול להעמיד בסכנה גם את פעיולת אונר"א בעזה ובגדה המערבית.
לפני כמה ימים הבטיח הנציב הכללי של אונר"א, פיליפ לזאריני, שכאשר החוק ייכנס לתוקף - "כוונת הסוכנות היא להישאר ולעשות את עבודתה בשטחים הפלסטיניים". עם זאת, הוא הוסיף כי "אם אין לך מערכת יחסים בירוקרטית או אדמיניסטרטיבית, זה הופך את הסביבה התפעולית שלך למסובכת עוד יותר".
העמדה של ישראל היא שסוכנויות אחרות של האו"ם צריכות לקבל אחריות על פעילויותיה של אונר"א, אך האו"ם שב ואומר כי לסוכנות "אין תחליף", במיוחד במשימתה לספק שירותים בסיסיים לפלסטינים כמו שירותי בריאות וחינוך.
לפני כשבועיים וחצי הדגיש מזכ"ל האו"ם גוטרש במכתב ששלח כי במקרה של הפסקה כפויה של פעילות אונר"א בשטחים הפלסטיניים, לרבות מזרח ירושלים, על ישראל, כ"הכוח הכובש" - להבטיח כי השירותים הניתנים על ידי הסוכנות ממשיכים להתקיים.