שיטת המחקר באמ"ן לפני 7 באוקטובר 2023 לא הייתה ביקורתית וחסרה את הבנת השפה והתרבות של האיסלאם הקיצוני. כך עולה מתחקיר אגף המודיעין בצה"ל, שהסביר כי ישראל התייחסה רק לכוונות חמאס - ולא ליכולותיו. בנוסף, נמצאו ליקויים וכשלים מתמשכים בתרבות הארגונית באגף המודיעין, לאורך שנים, שכללו אי-הטלת ספקות ואתגורים לכל הזירות – גם אחרי 7 באוקטובר.